一、长白-蓝塘猪资源群第6号染色体的QTL检测（论文文献综述）
付帝生[1]（2018）在《利用单标记和多标记线性混合模型鉴别影响猪肌内脂肪性状的主效QTL》文中认为猪肉是人类主要的肉类来源之一,其产量占世界肉类总产量的48%以上。良好的猪肉品质可提高消费者的接受度,为养殖者和肉食品加工行业的带来丰厚的利润。因此,猪肉品质一直是种猪遗传改良的重点。肌内脂肪（intramuscular fat,IMF）特指沉积在肌纤维和肌束膜间的脂肪,其含量多少直接影响猪肉的嫩度、风味、多汁性及消费者的表观接受程度,因此是衡量猪肉品质的重要指标。猪的IMF含量受遗传、营养、环境等众多因素影响,其中遗传为主因。据猪QTL database统计,目前与猪IMF相关的数量性状位点（Quantitative trait loci,QTL）多达213个,然而其主效基因的鉴别一直未取得实质性突破。值得注意的是,中国地方猪种的IMF含量（>3%）远高于西方瘦肉型猪种（约1.6%左右）,而我国半数以上的商品猪（>70%）均源西方瘦肉型猪种。因此,有目的地提高现有瘦肉型猪种的IMF含量,对改善猪肉品质具有重要意义。本研究前期收集了1491头杜洛克公猪的肌内脂肪数据,并收集了上述猪群耳组织样进行DNA抽提。本研究拟在此基础上,采用不同的线性混合模型对上述杜洛克群体的肌内脂肪含量进行全基因组关联分析,以期能够找到显着影响杜洛克种猪肌内脂肪的关键分子标记,进而为瘦肉型种猪肉质性状遗传改良提供参考。本文研究内容结果主要包括以下几点:1、根据猪群系谱记录,采用DMU软件中的约束最大似然法估计IMF遗传力为0.26,属于中等遗传力性状。2、采用GEMMA软件开展基于单变量线性混合模型的全基因组关联分析,共检测到5个基因组显着水平的SNPs(P<3.11×10-5)。其中,WU10.2226432683位于2号染色体基因C11orf74上游379675bp处,WU10.2311233043位于3号染色体基因GTF2IRD1上游9430bp处,剩余3个SNP位于猪7号染色体上约0.023Mb（117.427Mb-117.44Mb）的区域内,基因BDKRB2与上述区域有部分重合。同时7号染色体上的QTL为首次报道。3、采用R语言的MrMLM软件包中的多标记线性混合模型进行全基因组关联分析,使用LOD值≥3作为显着性检验标准,三种多标记线性混合模型共鉴别到28个与肌内脂肪性状显着相关的SNPs,其中12个SNPs位于基因内部（ROS1、TMEM138、AMH、GET4、RNF115、CASQ2、KIAA1644、FAF1、BDKRB2和TIAM1）。4、将上述线性混合模型所获得的候选基因进行基因进行富集分析,发现上述基因在多细胞生物体发育、组织发育和发育调控等8个调控通路中显着富集(GO:0007275,P=3.77×10-2;GO:2000026,P=1.02×10-2;GO:0050793,P=2.22×10-2等)。本研究发现了大量影响瘦肉型种猪IMF含量的SNPs位点,进一步加深了人们对猪IMF含量为复杂数量性状的认知,所鉴别的分子标记可直接应用于杜洛克及其合成系的肉质性状遗传改良。
许月园,齐晓龙,候晔,赵云霞,栾宇,周焕焕,赵书红,李新云[2]（2018）在《蓝塘猪和长白猪骨骼肌差异表达cis-NATs基因鉴定》文中提出【目的】通过分析蓝塘猪和长白猪生长发育过程中品种间骨骼肌组织差异表达基因及顺式天然反义转录本（cis-natural antisense transcripts,cis-NATs）,并以此为基础进行整合分析,探索cis-NATs调控猪骨骼肌生长发育的分子机理。【方法】使用差异表达分析鉴定蓝塘猪和长白猪胚胎期35 d至出生后180 d共10个时间点品种间差异表达基因及cis-NATs（|log2FC|≥1且FDR<0.01）;然后通过功能富集分析注释出差异表达基因及cis-NATs对应的正义基因主要参与的GO生物学过程（P<0.01）及KEGG通路（P<0.05）;再根据与cis-NATs相关表达的基因数目筛选出cis-NATs主要参与的GO生物学过程和KEGG通路,并根据通路间的相同基因数目对所有KEGG通路进行整合;最后基于通路内cis-NATs及其正义基因在品种间的差异表达倍数进行通路可视化分析。【结果】在蓝塘和长白猪骨骼肌发育的10个时间点共鉴定出5 350个品种间差异表达基因和738个差异表达cis-NATs;GO分析结果显示品种间骨骼肌组织差异表达cis-NATs主要与肌肉发育及能量代谢等GO生物学过程中的基因相关表达;KEGG通路整合分析发现能量代谢通路之间关联性最强;其中线粒体三羧酸循环通路中基因及其相关表达的cis-NATs在仔猪出生后早期表达量较高;通路可视化分析发现在肌纤维生长的两个关键时间点即胚胎期49 d和77 d,蓝塘猪能量代谢相关通路中基因及其相关表达的cis-NATs显着高表达于长白猪,而出生后品种间表达模式的变化则主要集中在出生后2—90 d的出生后早期阶段。【结论】在蓝塘猪和长白猪骨骼肌发育的10个时间点,共鉴定出738个品种间差异表达的cis-NATs,功能注释结果表明这些cis-NATs主要通过与能量代谢通路中的基因相关表达从而参与影响蓝塘猪和长白猪品种间骨骼肌纤维发育差异。
李洁[3]（2013）在《甘肃高山细毛羊微卫星亲子鉴定及DRB1基因第3外显子多态性研究》文中认为采用多重PCR和DNA测序技术检测116只甘肃高山细毛羊13个微卫星座位多态性，结合记录开展亲子鉴定，以期为甘肃高山细毛羊种质资源评价和亲子鉴定研究提供合理有效的微卫星座位；采用PCR-SSCP方法分析甘肃高山细毛羊DRB1基因第3外显子多态性，并对不同等位基因测序，分析甘肃高山细毛羊的等位基因数、核苷酸多态位点、变异类型、各等位基因间的遗传关系。结果表明，（1）甘肃高山细毛羊遗传多样性较丰富；甘肃高山细毛羊13个微卫星座位共检测到111个等位基因，在DRB1-INTRO2座位检测到的等位基因数最多（14个），SRCRCP5座位最少（5个）。ILSTS011座位观察杂合度最高（Ho=0.888），MAF214座位最低（Ho=0.500），3个微卫星座位平均观察杂合度为0.743，期望杂合度为0.727，平均多态信息含量为0.689。13个微卫星座位累计父权排除概率达到0.99994，11个具有高度多态的座位（除MAF214、OARJMP29外）累计父权排除率达到0.99985，12个座位达到0.99991，其中MAF214座位（中度多态）对累计排除率的影响最小，DRB1-INTRO2座位（高度多态）对累计排除率的影响较大，对亲子鉴定的贡献最大。（2）甘肃高山细毛羊DRB1基因第3外显子共检测到6个等位基因，对其单倍型序列分析发现了11个核苷酸多态位点；其中除等位基因*A外其他5个DRB1的等位基因在甘肃高山细毛羊首次发现。6个DRB1第3外显子的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势，表明甘肃高山细毛羊DRB1基因最初可能是由两类主要的单倍型演化而来。甘肃高山细毛羊群体在检测区域处于非平衡状态。
刘璐,苏玉虹,王军,赵会仁,袁志发[4]（2012）在《基于Meta分析的猪肌内脂肪QTL整合定位》文中研究表明【目的】通过Meta分析,用数学模型分析与优化定位分散的猪肌内脂肪QTL,提高QTL定位的准确度和有效性,为猪肌内脂肪相关基因的精细定位和基因挖掘奠定基础。【方法】收集猪肌内脂肪QTL及其相关信息,以美国肉畜研究中心（USDA-MARC 2.0）公布的猪遗传连锁图谱为参考图谱,利用BioMercator2.1将各QTL映射到参考图谱上,构建新的整合图谱,得到QTL簇。对得到的QTL簇进行Meta分析,缩短置信区间,定位"真实"QTL（MQTL）,减少QTL的定位误差。【结果】收集了67个猪肌内脂肪QTL及相关信息,经比对、映射,构建新的整合图谱,发现了12个QTL簇。通过Meta分析,得到12个MQTL（MQTL1～MQTL12）,其图距比原平均图距缩小29.16%～87.40%,其中,MQTL3、MQTL5、MQTL6、MQTL7、MQTL9、MQTL12图距较原平均图距缩小比例均超过50%,其图距分别为7.76,6.72,5.20,19.45,15.61,9.37cM。【结论】得到了12个猪IMF的MQTL,其图距比原平均图距均有不同程度缩小,最小仅5.20cM,图距缩小比例最大可达87.40%,提高了QTL定位的准确度和有效性。
王国富,高树新,张立凡,蔡兆伟,徐宁迎[5]（2011）在《大白猪二脂酰甘油酰基转移酶1和2基因（DGAT1和DGAT2）发育性表达特点及其与背膘厚的关联分析》文中提出二脂酰甘油基转移酶（acry1 CoA:diacylglycerol acyltransferase,DGAT）在细胞甘油脂类的代谢中起着重要的中心作用。本研究应用荧光定量PCR技术,研究了在60、90和120日龄,二脂酰甘油酰基转移酶1和2（DGAT1和DGAT2）基因在大白猪肝脏、皮下脂肪和眼肉中的表达特点,并将组织表达谱与肩部、6～7肋处、胸腰椎接合处和腰荐接合处4个部位的背膘厚进行了关联分析。结果表明,大白猪DGAT1在不同日龄的表达差异均不显着（P>0.05）,但DGAT2在60和90日龄的表达差异极显着（P<0.01）。对不同组织DGAT1和DGAT2的表达量分析,DGAT1表达量在肝脏中最高,皮脂次之;DGAT2表达量在皮脂中最高,肝脏次之;眼肉的DGAT1和DGAT2表达量最低。关联分析结果表明,在肝脏中DGAT1表达量与第6～7肋背膘厚（r=0.71,P<0.01）和胸腰椎接合处背膘厚（r=0.62,P<0.01）呈极显着的正相关,在皮脂中DGAT2表达量与前背膘厚呈显着的负相关（r=-0.46,P<0.05）、与第6～7肋背膘厚呈显着的正相关（r=0.49,P<0.05）。研究结果提示,DGAT2基因在2个日龄的表达以及DGAT1和DGAT2基因在3个组织中的相对表达水平均存在差异,并且与部分背膘厚相关显着,可考虑将DGAT1和DGAT2基因作为大白猪背膘厚选育的候选基因。
兰旅涛,郭源梅,陈从英,杨斌,毛辉荣,任军,周利华[6]（2010）在《在白色杜洛克×二花脸F2资源家系中定位影响猪210日龄8个体尺性状的QTL》文中研究说明【目的】通过测量猪体长、体高、管围、胸围、胸宽、胸深、腹围和腿臀围等8个体尺性状,应用全基因组扫描定位影响猪体尺性状的数量性状位点（QTL）。【方法】在210日龄,活体测量白色杜洛克×二花脸资源群体129头F2个体的上述8个体尺性状,利用分布于猪18条常染色体和X染色体上的183个微卫星标记,对这129头F2个体及其父母和祖代亲本进行基因型检测。应用基于最小二乘线性回归分析的复合区间作图法在QTL Express进行在线QTL定位分析,并通过1000次的Permutation来确定不同显着水平的临界值。【结果】在8条染色体上共检测到19个影响猪体尺性状的QTL,其中位于4和7号染色体上的5个QTL达到基因组1%显着水平,位于2和7号染色体上的2个QTL达基因组5%显着水平,但是没有检测到影响胸深的QTL。【结论】影响猪体尺性状的QTL位点大多数分布于不同染色体区域,QTL所解释的表型方差介于5.23%—41.58%。白色杜洛克和二花脸中均存在增加表型值的有利等位基因。
邢晋祎,姜运良[7]（2009）在《猪脂肪相关基因的QTL定位研究进展》文中提出猪是脂肪型动物,如何控制脂肪在猪体内过多积累,生产高质量的猪肉成了人们关注的热点。文章主要对基因组扫描和候选基因法在猪脂肪性状QTLs定位研究中的应用进行探讨,并对猪和人的比较基因组图谱进行初步分析,以期寻找控制脂肪沉积的机理,从而为分子育种和标记辅助选择在猪育种实践提供理论支持,而且,可以为人类肥胖症和Ⅱ型糖尿病的发病机理研究与治疗提供动物模型。
李延璐[8]（2009）在《7个绵羊群体15个微卫星DNA座位遗传多样性分析》文中认为本研究以中国小尾寒羊和6个引进绵羊品种（黑萨福克绵羊、白萨福克绵羊、特克塞尔绵羊、杜泊绵羊、南非肉用美利奴绵羊和东弗里生绵羊）为研究对象,利用FAO（联合国粮农组织）和国际家畜所推荐的分布于绵羊14条染色体上的15个微卫星DNA座位,开展等位基因变异、杂合度分析、Hardy-Weinberg平衡检测、遗传距离估算和遗传结构评估,并根据遗传距离对群体间杂交优势进行了预测。结果显示:在15个微卫星座位的401个个体中共发现154个等位基因。平均每个位点为10.3个等位基因,其中LSCV32座位有14个等位基因,ARHH35和JMP29座位分别存在13个等位基因,在MAF46、FCB128、BMS1620、BMS1316、MCM140和MAF45座位上分别存在11个等位基因;在BMS2508和DU264615座位上的等位基因数最少,只有6个,其次在座位CA006上仅7个等位基因。等位基因的变异范围从2bp到48bp,在座位JMP29上的变异范围最大,其片段范围在117165bp之间,其次在座位FCB128上的变异范围为32bp,其片段范围在100132bp之间;在座位DU264615上的变异范围最小,为10bp,其片段范围在115125bp之间,其次是CA006上变异范围较小,为14bp,其片段范围在122136bp之间。15个微卫星座位在每个群体中发现的等位基因数的范围为71117个,其中在小尾寒羊中最多,为117;东弗里生绵羊最少,为68个;黑萨福克绵羊为92个;白萨福克绵羊为103个;特克塞尔绵羊为90个;杜泊绵羊为71个;南非肉用美利奴绵羊为75个。遗传多样性分析结果表明:15个微卫星座位中有3个座位（CA006、BMS2508、JMP29）为中度多态,其余12个座位均为高度多态（PIC>0.5）,其中,座位LSCV32的PIC达到0.6891;座位BMS2508的PIC最低,为0.3928。15个微卫星位点在各个绵羊群体内的多态信息含量平均值为0.47270.6625 ,其顺序依次是白萨福克绵羊（0.6625） >黑萨福克绵羊（0.6371） >小尾寒羊（0.6347） >特克塞尔绵羊（0.5975） >东弗里生绵羊（0.5009） >南非肉用美利奴绵羊（0.4925） >杜泊绵羊（0.4727）。这说明受试绵羊群体具有比较丰富的遗传多样性。7个绵羊群体的平均杂合度为0.36300.5860,其中杂合度在白萨福克羊中最高;而南非肉用美利奴绵羊的杂合度最低。7个绵羊群体的平均杂合度均明显低于期望杂合度。15个微卫星座位的平均杂合度为0.31850.6764,其中座位LSCV32的杂合度最高;座位MAF64的杂合度最低。群体间基因分化系数（Fst）为17.54%,与Gst结果基本一致,总群体近交系数（Fit）为35.84%,群体内近交系数（Fis）为22.20%。表明遗传变异绝大部分存在于品种内,品种间的遗传分化水平很低。座位BMS2508位点的Gst值最大（0.3433）;座位DU264615的Gst值最小,为0.0934。群体结构分析发现:绝大部分群体处于不平衡状态,且大多数群体表现出极显着的杂合子缺失。根据DA遗传距离,预测群体间杂种优势,东弗里生、南非肉用美利奴、杜泊羊与小尾寒羊杂交会产生最大的杂种优势。
何振瑞[9]（2009）在《辽宁新品系绒山羊21-29号染色体经济性状的QTL定位研究》文中认为当今世界最好的纺织原料山羊绒,以其薄、轻、暖、滑、舒适、优美、高雅于一体,被誉为“纤维宝石”和“软黄金”而畅销全球,绒山羊也因此以其独特的绒毛产品而成为重要的经济动物。辽宁新品系绒山羊是我国禁止外流的特有遗传资源,以产绒量高、绒细度好而闻名。本研究利用辽宁新品系绒山羊的5个父系半同胞参考家系,共220个个体,分析了绒山羊基因组21-29号染色体上30个微卫星（microsatellite）标记的等位基因频率（Allele frequency）、群体杂合度（Heterozygosity）和多态信息含量（PIC）,构建了21-29号染色体的遗传连锁图谱,并采用QTL Express对影响辽宁新品系绒山羊体重、绒产量和绒细度性状的数量性状位点（QTL）进行了定位研究。所选微卫星标记在辽宁新品系绒山羊群体中平均检测到8.5个等位基因（2-15个）,平均多态信息含量为0.6993（0.3182＜PCI＜0.7952）,群体杂合度平均值为0.9488（0.5462＜H＜1.0000）,除了LSCV46标记为中度多态外,其他标记均呈现高度多态性,为该群体分子水平上的研究提供了可靠的依据。利用Crimpa2.4构建了辽宁新品系绒山羊21-29号染色体遗传连锁图谱,该图谱与国际上公布的山羊染色体遗传图谱位点顺序一致,只是长度略短。以辽宁新品系绒山羊21-29号染色体遗传图谱为基础采用回归方法对绒山羊体重、绒产量和绒细度性状进行了QTL定位分析,结果表明:在33号家系中,在辽宁新品系绒山羊第22号染色体的4cM处检测到影响绒细度的QTL位点,位于标记LSCV14-HRH1之间,同时在该染色体的8cM处检测到影响体重的QTL位点,位于标记HRH1-BM1558之间;在第27号染色体的36cM处检测到影响绒山羊绒细度的QTL位点,位于标记CSSM43-OarJMP58之间;在第29号染色体的0cM处检测到影响体重的QTL位点,位于标记IDVGA07处。其他染色体虽然也检测到相关QTL位点,但是都未达到显着或极显着水平。
邢晋祎[10]（2008）在《猪、鸡脂肪代谢相关基因的分子特征及表观遗传调控》文中研究表明畜禽脂肪代谢受多种因素影响,包括遗传、营养、内分泌和环境等因素,它们在脂肪代谢中形成复杂的调控网络。脂类是动物和人体必需的营养成分,也是生物体重要的组成成分,但猪、鸡体内过多的脂肪沉积给人类带来一系列的问题。基于此,以猪、鸡为研究对象,本试验对影响脂肪代谢相关基因的分子特征和表观遗传调控进行了研究。利用分子生物学和生物信息学相结合的方法对猪BMAL1（pBMAL1）基因的分子特征进行分析,以便寻找影响猪脂肪代谢的主效基因,为猪的分子育种实践提供理论支持。分析不同剂量的甜菜碱对鸡部分生产性状和屠宰性状的作用,进而探讨甜菜碱对脂肪代谢相关基因表达和甲基化水平的影响,为进一步深入研究甜菜碱调控基因表达和甲基化的分子机理奠定基础,对于提高优质高产鸡的选育具有重要意义。第一部分:以人和小鼠BMAL1基因序列设计简并引物成功克隆了猪BMAL1 cDNA和非编码区部分序列,分析了pBMAL1基因在不同部位脂肪组织和其它组织中的表达,并对其进行了精细定位。结果表明,pBMAL1基因序列长为2073bp,开放阅读框为1878bp,编码626个氨基酸,该氨基酸包括bHLH、PAS-A和PAS-B结构域。编码区核酸序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为94.36%, 89.85%和89.79%;氨基酸序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为99.20%, 98.24%和97.92%。在长白猪和莱芜猪背膘中发现了两个剪接变异体。pBMAL1 mRNA在长白猪5种脂肪组织均有表达,在肠系膜脂肪表达量最高,在花油表达量最低,但差异不显着（P>0.05）;pBMAL1 mRNA在成年莱芜猪14种组织均有表达,在背膘中表达最高,在眼肌中表达最低。用辐射杂种板把pBMAL1基因定位在SSC 2p11-q21。第二部分:通过在肉鸡和蛋鸡饲料中添加不同剂量的甜菜碱,研究甜菜碱对鸡部分生产性状和屠宰性状的影响;采用半定量RT-PCR方法分析了甜菜碱对脂肪代谢相关基因LPL、PPARγ、A-FABP、FAS、Adiponectin、BMAL1和CLOCK mRNA表达的影响,并通过亚硫酸盐测序的方法对LPL和PPARγ基因的启动子区甲基化进行了分析。结果表明,在饲料中添加0.1%的甜菜碱对肉鸡平均日增重、腹脂率和肝重率作用不显着（P>0.05）。在饲料中添加0.08%的甜菜碱使165日龄蛋鸡的肝重率比对照组降低15.66%（P<0.05）,使180日龄的日均产蛋率提高26.18%（P<0.05）。不同剂量的甜菜碱对其余性状在两个试验阶段各组之间影响均不显着（ P>0.05 ）。饲料中添加0.1%的甜菜碱分别使56日龄肉鸡脂肪中A-FABP mRNA和66日龄肉鸡脂肪中LPL mRNA表达丰度显着降低（P<0.05）;使56和66日龄肉鸡脂肪中FAS mRNA的表达丰度极显着降低（P<0.01）。但是,同样剂量的甜菜碱对56日龄肉鸡脂肪中LPL,66日龄肉鸡脂肪中A-FABP,56和66日龄肉鸡脂肪中PPARγ、Adiponectin、BMAL1和CLOCK mRNA的表达丰度影响不明显（P>0.05）。对于蛋鸡半定量RT-PCR分析表明,LPL mRNA的表达量在180日龄时甜菜碱Ⅱ组（添加0.06%的甜菜碱）极显着低于对照组和甜菜碱Ⅲ组（添加0.08%的甜菜碱）（P<0.01）;FAS mRNA的表达量在180日龄时甜菜碱Ⅲ组均极显着大于其余3组;Adiponectin mRNA的表达量在165日龄时甜菜碱Ⅲ组显着大于对照组（P<0.05）;BMAL1 mRNA的表达量在180日龄时甜菜碱Ⅲ组显着大于对照组（P<0.05）。其余基因的表达量在不同试验组和不同试验阶段差异均不显着（P>0.05）。亚硫酸盐测序结果显示,66日龄肉鸡脂肪中LPL基因启动子区处于低甲基化状态;对照组和甜菜碱组总体甲基化比率分别为4.55%和2.77%。56日龄肉鸡脂肪中PPARγ基因5′上游调控区处于高甲基化状态,对照组和甜菜碱组总体甲基化比率分别为76.7%和71.7%。甜菜碱对肉鸡脂肪LPL基因和PPARγ基因甲基化调控作用不明显（P>0.05）。与肉鸡相似,180日龄蛋鸡脂肪中LPL基因启动子区处于低甲基化状态,对照组、甜菜碱Ⅰ组（添加0.04%的甜菜碱）、甜菜碱Ⅱ组和甜菜碱Ⅲ组的总体甲基化比率分别为3.20%、4.31%、1.83%和3.65%,各组之间差异不显着（ P>0.05 ）。PPARγ基因5′上游调控区处于高甲基化状态,对照组、甜菜碱Ⅰ组、甜菜碱Ⅱ组、甜菜碱Ⅲ组的总体甲基化比率分别为89.6%、85.7%、85.7%和71.2%,对照组与甜菜碱Ⅲ组相比差异显着（P<0.05）。
二、长白-蓝塘猪资源群第6号染色体的QTL检测（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、长白-蓝塘猪资源群第6号染色体的QTL检测（论文提纲范文）
（1）利用单标记和多标记线性混合模型鉴别影响猪肌内脂肪性状的主效QTL（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 肌内脂肪研究进展 |
| 1.2 猪肌内脂肪性状的测定方法 |
| 1.3 影响肌内脂肪含量的因素 |
| 1.4 畜禽经济性状遗传解析的常规策略 |
| 1.4.1 候选基因法 |
| 1.4.2 QTL连锁分析法 |
| 1.4.3 全基因组关联分析 |
| 1.4.3.1 基于单标记线性混合模型的全基因组关联分析 |
| 1.4.3.2 基于多标记线性混合模型的全基因组关联分析 |
| 1.5 本研究的目的意义及技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验动物 |
| 2.1.2 仪器设备及使用试剂 |
| 2.1.2.1 主要仪器设备 |
| 2.1.2.2 主要试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 表型测定方法及耳组织样收集 |
| 2.2.2 基因组DNA抽提 |
| 2.2.3 DNA质量控制及其浓度标准化 |
| 2.2.4 全基因组50KSNP芯片分型 |
| 2.2.5 50 K芯片质量控制 |
| 2.2.6 统计分析 |
| 2.2.6.1 肌内脂肪性状遗传参数估计 |
| 2.2.6.2 单标记全基因组关联分析 |
| 2.2.6.3 群体分层 |
| 2.2.6.4 单倍型框初步查找 |
| 2.2.7 |
| 2.2.7.1 多标记全基因组关联分析 |
| 2.2.7.2 基因富集分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 肌内脂肪表型分布 |
| 3.2 肌内脂肪的遗传参数 |
| 3.3 猪50K芯片质量控制 |
| 3.4 单标记全基因组关联分析 |
| 3.4.1 全基因组关联分析 |
| 3.4.2 单倍型分析 |
| 3.5 群体分层评估 |
| 3.6 多标记全基因组关联分析 |
| 3.6.1 基于MrMLM的全基因组关联分析 |
| 3.6.2 基于FASmrEMMA的全基因组关联分析 |
| 3.6.3 基于ISISEM-BLASSO的全基因组关联分析 |
| 3.7 基因富集分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 肌内脂肪遗传参数估计 |
| 4.2 全基因组关联分析 |
| 4.2.1 单标记GWAS与多标记GWAS的结果差异分析 |
| 4.2.2 单标记GWAS与FASTmrEMMA的结果差异分析 |
| 4.2.3 单标记GWAS与ISISEM-BLASSO的结果差异分析 |
| 4.3 候选基因筛选与讨论 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（2）蓝塘猪和长白猪骨骼肌差异表达cis-NATs基因鉴定（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 差异表达分析 |
| 1.2.2功能注释分析 |
| 1.2.3 通路可视化分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 猪骨骼肌生长发育过程中共有5 350个基因和738个cis-NATs在蓝塘猪与长白猪两品种间差异表达 |
| 2.2 品种间骨骼肌组织差异表达cis-NATs主要富集在骨骼肌发育及能量代谢的GO生物学过程中 |
| 2.3 KEGG通路整合分析发现能量代谢通路之间关联性最强 |
| 2.4 线粒体中三羧酸循环通路的cis-NATs及基因在仔猪出生后早期表达量更高 |
| 2.5 通路可视化分析发现cis-NATs在品种间的差异表达具有时效性 |
| 3 讨论 |
| 3.1 cis-NATs差异表达分析 |
| 3.2 功能注释及通路可视化 |
| 4 结论 |
（3）甘肃高山细毛羊微卫星亲子鉴定及DRB1基因第3外显子多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 第一部分 文献综述 |
| 1.畜禽的遗传多样性 |
| 1.1 畜禽遗传多样性的保护 |
| 1.2 我国绵羊遗传多样性的研究进展 |
| 2. 微卫星 DNA |
| 2.1 微卫星 DNA 的定义 |
| 2.2 微卫星 DNA 的特征及特点 |
| 2.3 微卫星 DNA 的形成机制 |
| 2.4 微卫星 DNA 的多态性 |
| 2.5 微卫星 DNA 标记在遗传育种中的应用 |
| 3. 亲子鉴定 |
| 3.1 亲子鉴定的基本原理 |
| 3.2 亲子鉴定的方法与计算 |
| 4. 亲子鉴定的研究进展及意义 |
| 4.1 亲子鉴定的研究进展 |
| 4.2 亲子鉴定的研究意义 |
| 5. MHC 概述 |
| 5.1 MHC 分子结构与功能 |
| 5.2 MHC 的遗传特点 |
| 6. 绵羊的主要组织复合体(OLA)的研究 |
| 6.1 绵羊的 OLA 基因结构与功能 |
| 6.2 绵羊 OLA 基因的研究进展及意义 |
| 7. 甘肃高山细毛羊概况 |
| 第二部分 甘肃高山细毛羊微卫星遗传多样性及亲子鉴定的研究 |
| 1. 试验材料、仪器设备和溶液配制 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 溶液试剂的配制 |
| 2. 试验方法 |
| 2.1 基因组 DNA 的提取及检测方法 |
| 2.2 微卫星标记 PCR 扩增 |
| 2.3 ABI 测序仪电泳 |
| 2.4 数据统计分析 |
| 2.5 亲权鉴定 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 PCR 扩增结果 |
| 3.2 ABI 测序仪检测的部分图片 |
| 3.3 等位基因变异分析 |
| 3.4 Hardy-Weinberg 平衡 |
| 3.5 杂合度、多态信息含量 |
| 3.6 父权排除率 |
| 3.7 鉴定结果 |
| 第三部分 甘肃高山细毛羊 MHC-DRB1 基因第 3 外显子 PCR-SSCP 检测及其序列分析 |
| 1. 试验材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 溶液试剂的配制方法 |
| 2. 试验方法 |
| 2.1 基因组 DNA 的提取与检测 |
| 2.2 引物设计和 PCR 扩增 |
| 2.3 DRB1 基因第 3 外显子 SSCP 检测 |
| 2.4 基因测序 |
| 2.5 序列分析 |
| 2.6 遗传多态性分析 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 PCR 扩增 |
| 3.2 PCR-SSCP 检测 |
| 3.3 DRB1 基因第 3 外显子的核苷酸位点多态位点分析 |
| 3.4 DRB1 基因第 3 外显子等位基因氨基酸变异分析 |
| 3.5 DRB1 基因第 3 外显子等位基因系统发育分析 |
| 3.6 DRB1 基因第 3 外显子基因群体遗传学分析 |
| 第四部分 讨论 |
| 1. 等位基因的变异分析 |
| 2. 13 个微卫星座位遗传多样性分析 |
| 3. 13 个微卫星座位可满足甘肃高山细毛羊亲子关系鉴定 |
| 4. 微卫星位点选择对亲子鉴定的影响 |
| 5. DRB1 基因 exon3 多态性丰富 |
| 第五部分 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（4）基于Meta分析的猪肌内脂肪QTL整合定位（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 猪IMF QTL信息的收集和处理 |
| 1.2 猪IMF QTL的映射、信息整合及整合图谱的构建 |
| 1.3 猪IMF QTL的Meta分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 猪IMF QTL信息收集和整合图谱的构建 |
| 2.2 猪IMF QTL的Meta分析 |
| 3 讨 论 |
| 4 结 论 |
（5）大白猪二脂酰甘油酰基转移酶1和2基因（DGAT1和DGAT2）发育性表达特点及其与背膘厚的关联分析（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 大白猪DGAT1和DGAT2基因扩增与克隆测序 |
| 1.2 大白猪不同日龄的DGAT1和DGAT2基因表达 |
| 1.3 大白猪不同组织的DGAT1和DGAT2基因表达 |
| 1.4 大白猪DGAT1和DGAT2基因相对表达量与背膘厚的相关分析 |
| 2 讨论 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 材料和主要试剂 |
| 3.2 RNA的提取及反转录 |
| 3.3 引物设计 |
| 3.4 荧光定量PCR |
| 3.5 数据分析 |
（6）在白色杜洛克×二花脸F2资源家系中定位影响猪210日龄8个体尺性状的QTL（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 表型性状测定 |
| 1.3 微卫星和基因型判定 |
| 1.4统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 表型性状 |
| 2.2 QTL定位结果 |
| 2.2.1 体长QTL定位结果 |
| 2.2.2 体高性状QTL定位结果 |
| 2.2.3 影响管围QTL定位结果 |
| 2.2.4 胸围和胸宽QTL定位结果 |
| 2.2.5 影响腹围的QTL定位结果 |
| 2.2.6 影响腿臀围的QTL定位结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（8）7个绵羊群体15个微卫星DNA座位遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 文献综述 |
| 1 微卫星DNA 标记及其研究进展 |
| 1.1 微卫星DNA 标记的特点 |
| 1.1.1 微卫星DNA 的分布 |
| 1.1.2 微卫星DNA 的特异性 |
| 1.1.3 微卫星DNA 的多态性及共显性 |
| 1.1.4 微卫星DNA 的检测 |
| 1.2 微卫星DNA 标记在绵羊遗传育种中的应用 |
| 1.2.1 遗传多样性和品种间遗传距离的评价 |
| 1.2.2 构建绵羊遗传连锁图谱 |
| 1.2.3 用于基因定位及QTL 分析 |
| 1.2.4 用于绵羊杂种优势预测 |
| 1.2.5 用于个体及亲缘关系鉴定 |
| 1.2.6 用于制作绵羊DNA 指纹图 |
| 1.2.7 用于绵羊标记辅助选择 |
| 2 本研究的目的和意义 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验群体 |
| 2.1.2 药品和酶 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 有关试剂和溶液的配制 |
| 2.1.5 分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 微卫星标记的选择与引物合成 |
| 2.2.2 绵羊血液DNA 的提取及浓度和纯度的检测 |
| 2.2.3 PCR 过程及PCR 反应产物检测 |
| 2.2.4 12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶染色 |
| 2.3 数据统计分析 |
| 2.3.1 遗传多样性分析 |
| 2.3.2 遗传关系分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 PCR 扩增产物的检测 |
| 3.2 PCR 扩增产物的分型结果 |
| 3.3 微卫星座位多态性 |
| 3.4 群体遗传多样性分析 |
| 3.5 Hardy-Weinberg 平衡检验 |
| 3.6 群体间遗传关系 |
| 3.6.1 F-统计量 |
| 3.6.2 总群体杂和度、亚群体杂和度和遗传分化系数 |
| 3.6.3 群体间的遗传距离 |
| 3.6.4 聚类分析 |
| 3.6.5 遗传结构的推导 |
| 4 讨论 |
| 4.1 样本采集 |
| 4.2 引物的选择 |
| 4.3 PCR 反应体系与条件 |
| 4.4 群体遗传多样性和遗传分化分析 |
| 4.5 杂种优势分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（9）辽宁新品系绒山羊21-29号染色体经济性状的QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 世界山羊饲养业的概况 |
| 1.2 世界山羊品种资源 |
| 1.2.1 肉用山羊品种 |
| 1.2.2 绒用山羊品种 |
| 1.2.3 奶山羊品种 |
| 1.3 羊绒生产向提高绒细度和绒产量方向发展 |
| 1.4 遗传标记 |
| 1.4.1 形态标记(Morphological markers) |
| 1.4.2 细胞遗传标记(Cytological markers) |
| 1.4.3 生物化学标记(Biochemical markers) |
| 1.4.4 分子遗传标记(Moleclar markers) |
| 1.5 微卫星DNA标记 |
| 1.5.1 微卫星标记的形成原理 |
| 1.5.2 微卫星DNA的结构特点 |
| 1.5.3 微卫星标记的研究方法 |
| 1.5.4 微卫星标记的特点 |
| 1.5.5 微卫星标记在羊遗传育种研究中的应用 |
| 1.5.6 微卫星数据缺陷 |
| 1.6 QTL定位 |
| 1.6.1 QTL的遗传特性 |
| 1.6.2 QTL定位原理 |
| 1.6.3 QTL定位常用的试验设计 |
| 1.6.4 QTL定位方法 |
| 1.6.5 QTL定位常用分析软件及网络资源简介 |
| 1.6.6 QTL定位研究存在的问题 |
| 1.7 本研究的目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验群体 |
| 2.1.2 样本采集 |
| 2.1.3 试剂和仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 微卫星引物 |
| 2.2.3 PCR扩增 |
| 2.2.4 PCR扩增产物的凝胶电泳 |
| 2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶的银染(以下操作均在摇床上进行) |
| 2.2.6 统计分析 |
| 2.2.7 遗传连锁图谱的构建 |
| 2.2.8 体重、绒细度和绒产量性状QTL分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA的检测 |
| 3.2 微卫星位点的检测 |
| 3.3 微卫星位点的分析结果 |
| 3.3.1 微卫星位点的基因频率及基因型频率 |
| 3.3.2 微卫星位点遗传特性分析 |
| 3.4 辽宁新品系绒山羊21-29号染色体的遗传连锁图谱 |
| 3.5 QTL分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 QTL定位研究的资源群体 |
| 4.2 用于作图的微卫星标记 |
| 4.3 遗传连锁图谱 |
| 4.4 体重、绒细度和绒产量性状的QTL定位 |
| 4.5 QTL定位分析方法 |
| 4.5.1 统计方法 |
| 4.5.2 计算机软件 |
| 4.6 进一步工作 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（10）猪、鸡脂肪代谢相关基因的分子特征及表观遗传调控（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 猪BMAL1 基因的特征：cDNA 的克隆、表达和定位 |
| 1 前言 |
| 1.1 影响畜禽脂肪代谢的遗传和营养因素分析 |
| 1.1.1 遗传因素 |
| 1.1.2 营养因素 |
| 1.2 BMAL1 基因的分子生物学及功能 |
| 1.2.1 BMAL1 基因的结构和功能 |
| 1.2.2 BMAL1 基因与脂肪代谢 |
| 2 本研究的目的和意义 |
| 3 试验研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 总RNA 的提取与检测 |
| 3.2.2 pBMAL1 基因的克隆和生物信息学分析 |
| 3.2.3 pBMAL1 基因cDNA 剪接变异体和序列多态性分析 |
| 3.2.4 pBMAL1 基因5′-UTR 的扩增 |
| 3.2.5 pBMAL1 基因内含子12 的扩增和序列多态性分析 |
| 3.2.6 pBMAL1 基因在不同组织的表达分析 |
| 3.2.7 pBMAL1 基因染色体物理定位 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 第二章 甜菜碱对鸡脂肪代谢相关基因表达的影响和表观遗传调控 |
| 1 前言 |
| 1.1 甜菜碱的作用及调控机理 |
| 1.1.1 甜菜碱的理化特性 |
| 1.1.2 甜菜碱的调控机理 |
| 1.1.3 甜菜碱对渗透压的调节和抗球虫病 |
| 1.1.4 甜菜碱参与蛋白质的代谢，提高生产性能，改善蛋品质 |
| 1.1.5 甜菜碱降低畜禽体内脂肪含量，防止脂肪肝发生 |
| 1.1.6 甜菜碱的诱食效应 |
| 1.1.7 甜菜碱对饲料中维生素的稳定作用 |
| 1.1.8 甜菜碱与DNA 甲基化 |
| 1.2 基因表达的表观遗传调控 |
| 1.2.1 DNA 甲基化 |
| 1.2.2 影响DNA 甲基化的因素 |
| 1.2.3 DNA 甲基化与基因表达调控 |
| 1.2.4 DNA 甲基化的研究方法 |
| 2 本研究的目的和意义 |
| 3 试验研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 甜菜碱对鸡部分生产性状的影响 |
| 3.2.2 甜菜碱对鸡脂肪相关基因表达的影响 |
| 3.2.3 LPL 和PPARγ基因甲基化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
四、长白-蓝塘猪资源群第6号染色体的QTL检测（论文参考文献）
- [1]利用单标记和多标记线性混合模型鉴别影响猪肌内脂肪性状的主效QTL[D]. 付帝生. 华南农业大学, 2018(08)
- [2]蓝塘猪和长白猪骨骼肌差异表达cis-NATs基因鉴定[J]. 许月园,齐晓龙,候晔,赵云霞,栾宇,周焕焕,赵书红,李新云. 中国农业科学, 2018(09)
- [3]甘肃高山细毛羊微卫星亲子鉴定及DRB1基因第3外显子多态性研究[D]. 李洁. 甘肃农业大学, 2013(04)
- [4]基于Meta分析的猪肌内脂肪QTL整合定位[J]. 刘璐,苏玉虹,王军,赵会仁,袁志发. 西北农林科技大学学报(自然科学版), 2012(05)
- [5]大白猪二脂酰甘油酰基转移酶1和2基因（DGAT1和DGAT2）发育性表达特点及其与背膘厚的关联分析[J]. 王国富,高树新,张立凡,蔡兆伟,徐宁迎. 农业生物技术学报, 2011(04)
- [6]在白色杜洛克×二花脸F2资源家系中定位影响猪210日龄8个体尺性状的QTL[J]. 兰旅涛,郭源梅,陈从英,杨斌,毛辉荣,任军,周利华. 中国农业科学, 2010(15)
- [7]猪脂肪相关基因的QTL定位研究进展[J]. 邢晋祎,姜运良. 山东农业大学学报(自然科学版), 2009(03)
- [8]7个绵羊群体15个微卫星DNA座位遗传多样性分析[D]. 李延璐. 安徽农业大学, 2009(07)
- [9]辽宁新品系绒山羊21-29号染色体经济性状的QTL定位研究[D]. 何振瑞. 辽宁师范大学, 2009(S1)
- [10]猪、鸡脂肪代谢相关基因的分子特征及表观遗传调控[D]. 邢晋祎. 山东农业大学, 2008(02)