一、5个选育系鸡群体遗传结构的微卫星分析（论文文献综述）
田镇,陈爱华,曹奕,吴杨平,张雨,陈素华,张志东,李秋洁[1]（2021）在《红壳色文蛤选育群体遗传多样性的微卫星分析》文中研究表明【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤（Meretrix meretrix）选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种（SY）、江苏红文蛤原种（SR）及5个红壳色文蛤选育群体（SRF1～SR5F5）为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3～18个等位基因,且等位基因数（Na）随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量（PIC）在0.575～0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度（Ho）为0.442～0.502,平均期望杂合度（He）为0.629～0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数（Fis）范围为-0.0157～0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数（Fst）平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流（Nm）为0.9002～18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种（SY）独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。
赵雨[2]（2021）在《基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评价及群体遗传学研究》文中研究表明日本对虾（Penaeus japonicus）是我国重要的经济种类,也是养殖和放流的重要品种。近年来,由于环境变化、栖息地衰退和过度捕捞的影响,日本对虾资源量急剧减少。增殖放流作为修复渔业资源的有效办法,已被广泛应用于水产行业。本研究基于微卫星分子标记评估了在北部湾海域进行的日本对虾增殖放流效果,同时探究了此次增殖放流是否对北部湾海域的野生日本对虾造成遗传学影响;利用微卫星分子标记对南海区日本对虾自然种群的群体遗传结构和遗传多样性进行了研究。旨在评估和分析北部湾日本对虾增殖放流的结果和成效,探明南海区日本对虾群体的遗传特征现状,为今后的日本对虾资源养护与合理利用提供科学的理论和数据支持。主要研究结果如下:利用6对微卫星引物分析了2019年增殖放流结果。对143尾亲体日本对虾和663尾回捕日本对虾进行分析,研究得出,在663尾日本对虾回捕样本中,有101尾个体在6个微卫星位点上可找到与其对应的母本,为本次放流的日本对虾苗种,占回捕日本对虾总数的15.23%。基于5对微卫星引物研究了在北部湾海域进行的日本对虾增殖放流是否对该海域自然种群产生了遗传学影响,分析得出,日本对虾亲本群体、放流群体和回捕群体间遗传差异微弱,并未使该海域日本对虾遗传组成出现明显改变。为探究中国近海日本对虾群体的遗传结构和遗传多样性现状,对5个日本对虾群体（湛江、汕头、陵水、汕尾、北海）共143尾个体的10对微卫星标记进行分析。研究表明日本对虾各地理群体均处于较高的遗传多样性水平;除汕尾与汕头两个地理群体之间存在中等程度的遗传分化外,剩余各日本对虾地理群体之间表现为较低程度的遗传分化。根据Nei遗传距离构建UPGMA树的结果显示,湛江、陵水,北海三个群体聚为一支,汕头与汕尾群体聚为另一支,聚类结果与形态变异类型一致。
王金帅[3]（2021）在《笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究》文中研究说明本研究以优质肉鸡燕山红玉鸡为试验材料,分析该品种公母鸡笼养条件下0-5月龄生长规律,并结合体重生长规律做出了三种生长曲线模型,后结合120日龄体重、体尺和屠宰指标,进行了一系列相关分析。系统研究20对微卫星位点在安卡红鸡、巴布考克白尾鸡、巴布考克黑尾鸡和燕山红玉鸡的遗传多样性,并与该燕山红玉鸡的生长及屠宰性状进行联合分析,为燕山红玉鸡后期生长分子标记辅助选择提供有效的遗传标记。研究结果如下:1.燕山红玉公鸡120日龄平均体重为3120±247.29g,母鸡为2250±274.25g。2.燕山红玉公鸡屠宰率为为88.3%,母鸡为89.66%,均高于85%;半净膛率公鸡为79.39%,母鸡为79.40%,均超过75%;全净膛率公鸡为66.26%,母鸡为66.49%,均超过65%,屠宰性能表现非常优异。3.Gompertz模型能更好地模拟燕山红玉公鸡和母鸡的生长发育规律。其拟合的燕山红玉鸡公鸡拐点周龄为7.488周,拐点体重为1342.55g,最大周增重为289.99g,拟合度为1;其拟合的燕山红玉鸡母鸡拐点周龄为7.384周,拐点体重为1043.20g,最大周增重为205.51g,拟合度为0.997。4.体重、体尺与屠宰性能的简单相关分析和逐步回归分析都揭示出燕山红玉公母鸡大部分体尺和屠宰性能指标间存在显着相关,燕山红玉公鸡活体重的最优回归方程为:Y=51.327X1+195.713X2;屠体重为:Y=43.693X1+177.777X2;全净膛重为:Y=38.831X1+115.341X2;半净膛重为:Y=42.640X1+149.745X2。燕山红玉母鸡活体重的最优回归方程为:Y=67.074X4;屠体重为:Y=257.199X2;全净膛重为:Y=44.632X4;半净膛重为:Y=53.331X4;再结合其他屠宰指标与体尺的回归方程,由此可知,笼养燕山红玉公鸡4个体重指标均与体斜长和胸宽存在显着正相关,其他公鸡屠宰指标也大多数与体斜长或胸宽存在显着正相关;母鸡的屠宰指标大多数与胸宽或胸围有显着关系。故在今后对燕山红玉鸡选育时可将体斜长、胸宽和胸围作为间接选择标准。5.4个鸡群在20个微卫星位点上共检测到192个等位基因,各位点所检测到的等位基因数为4～15个不等,平均每个位点9.6个,具有较高的多态性。4个鸡种的平均有效等位基因数范围为2.5677～3.1982,总体差异不大。4个鸡种在20个微卫星位点的平均PIC在0.5016～0.5945间,平均值为0.5481。20个微卫星座位中15个均属于高度多态性,其余的5个属于中度多态性。4个鸡种20个微卫星位点的平均I范围为1.0489～1.2817,整体差异不大。4个鸡群的平均观察杂合度为0.4732～0.5758,低于平均期望杂合度0.5605～0.6590。聚类分析把安卡红与燕山红玉鸡分为一类,巴布考克白尾与巴布考克黑尾分为一类。6.结合等位基因、不同基因型与性状间的方差分析结果,可得出11个两者共同重复的微卫星位点,这些位点可能与燕山红玉鸡QTL关系更密切。11个微卫星位点如下:MCW0067、MCW0081、LEI0166、MCW0123、MCW0014、MCW0034、MCW0165、MCW0248、MCW0330、MCW0206和MCW0078。之后在进行多重比较分析中,有4个微卫星标记与多个屠宰指标有显着性相关,如下:标记MCW0183对体长、胸深、胸肌重、腹脂率、头重和脚重影响显着;标记MCW0014对胸围、屠体率、心重和脚率影响显着;标记MCW0165对胸宽、翅膀重、屠体率、翅膀率和肝重影响显着;标记MCW0248对体重、胸深、胸围、胸骨长、腿肌重、翅膀重、头重、脚重、肝重、肝率和腹脂率影响显着。故在今后对燕山红玉鸡选育时可将MCW0183、MCW0014、MCW0165和MCW0248作为特异性标记。
王世会[4]（2020）在《中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘、养殖性能和品质评价》文中进行了进一步梳理绒螯蟹（Eriocheir sensu stricto）,又称河蟹或大闸蟹,是东亚地区土着且具有重要经济价值的蟹类之一。尚不清楚不同水系野生绒螯蟹种质遗传特性,人工养殖条件下的养殖性能和品质特性。因此本文比较了不同水系野生绒螯蟹的遗传多样性,在相同/相似的养殖条件下比较了不同水系绒螯蟹的养殖性能、营养品质和风味品质差异,以期为中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘和开发利用提供基础数据。研究内容和结果如下:1. 长江、瓯江、闽江和南流江水系野生绒螯蟹遗传多样性及遗传结构分析采用分子标记和线粒体COI标记分析了长江、瓯江、闽江和南流江水系野生绒螯蟹的遗传多样性和种群结构。结果表明:四水系野生群体的多态性信息含量PIC介于0.7827～0.8580之间,香农信息指数I介于2.0722～2.4088之间;单倍型多样性h介于0.52101～0.87097之间,核苷酸多样性π介于0.00139～0.02796之间,四水系野生群体的遗传多样性均较高。不论是微卫星还是线粒体标记分析,南流江种群与长江、瓯江和闽江种群均存在中等程度的遗传分化;瓶颈效应分析表明在符号检测和Wilcoxon符号检验的SMM模型下,四水系绒螯蟹种群均经历了瓶颈效应;遗传结构分析表明南流江种群独立于长江、瓯江和闽江种群。综上,通过微卫星和线粒体COI标记分析,四水系野生绒螯蟹均具有较高的遗传多样性,遗传分化程度与地理距离相一致,瓯江和闽江种群更接近长江种群,而与南流江种群遗传距离较远。本研究为绒螯蟹种质资源保护和合理开发利用提供了基础资料。2. 辽河、长江、瓯江和闽江水系绒螯蟹F1养殖性能比较通过养殖实验和解剖相结合的方法,系统地评估了辽河、长江、瓯江和闽江水系绒螯蟹F1在扣蟹阶段生长性能、早熟率、成活率、产量和饲料系数,成蟹阶段生长性能、生殖蜕壳、性腺发育、成活率、产量和饲料系数。结果表明:（1）在扣蟹养殖阶段,四水系扣蟹的平均体重均无显着性差异（P>0.05）,但终体重以长江扣蟹最高。8-10月和10-11月四水系扣蟹的增重率WGR和特定生长率SGR均存在显着性差异（P<0.05）,辽河扣蟹无早熟个体,其余三水系扣蟹存在一定早熟率,且差异显着（P<0.05）。辽河扣蟹成活率和产量最高,饲料系数最低,而闽江扣蟹成活率和产量最低,饲料系数最高。（2）在成蟹养殖阶段,生长前期（3-7月）辽河蟹平均体重最高,生长后期（9-11月）长江蟹平均体重最高。3-5月和7-9月闽江蟹的WGR和SGR略高于辽河蟹和长江蟹。9月末雌体全部完成生殖蜕壳,而雄体则持续到10月。9-11月闽江蟹性腺指数GSI增量最高,但11月长江蟹GSI最高。长江蟹成活率和产量均最高,饲料系数最低。就终体重分布而言,长江雌体大规格（≥150.00 g/只）比例最高,辽河雄体大规格（≥200.00 g/只）比例最高,但不同水系间无显着性差异（P>0.05）。综合判断,在长江流域长江蟹养殖性能最优,闽江蟹性腺发育最晚,但性腺发育速度较快。这些研究结果将为绒螯蟹种质资源开发和保护提供重要的科学依据。3. 中华绒螯蟹1龄性早熟自交和1龄性早熟与2龄正常成熟杂交F1养殖性能及可食率比较本研究构建了1龄性早熟自交家系（PI）和1龄性早熟与2龄正常成熟杂交家系（PHN）,综合评估其养殖性能和可食率。结果表明:（1）在扣蟹养殖阶段,PI组F1扣蟹平均体重始终大于PHN组;PI组F1雌体的WGR、SGR和早熟率均高于PHN组,雄体则较低,但均无显着性差异（P>0.05）;PI组F1雌体成活率显着低于PHN组（P<0.05）,雄体略低于PHN组;PHN组总产量较高,但无显着差异（P>0.05）。扣蟹终体重呈正态分布,3.00～8.99 g终体重扣蟹比例较高。（2）在成蟹养殖阶段,生长前期（3-5月）PI组平均体重低于PHN组,生长后期（7-9月）则以PI组为高;3-5月和7-9月PHN组F1WGR和SGR均高于PI组,而5-7月则以PI组为高;PI组F1生殖蜕壳和性腺发育略早于PHN组,无显着性差异（P>0.05）;总体来看,PI组F1成活率和产量均高于PHN组,但饲料系数显着低于PHN组（P<0.05）;PHN组F1体重<125.00 g和≥250.00 g的成蟹百分比较高,两组体重<125.00g的成蟹存在显着性差异（P<0.05）。（3）就总可食率TEY而言,PI组F1TEY高于PHN组;就肥满度CF而言,PI组F1雌体高于PHN组,雄体则较低,但两组无显着性差异（P>0.05）。综上,1龄早熟自交组F1具有扣蟹平均体重大、早熟率略高,成蟹生殖蜕壳较早、成活率和产量高的特点;而1龄早熟与2龄正常成熟杂交组F1则具有扣蟹成活率和产量高,成蟹生殖蜕壳略晚、饲料系数低的特点。4. 辽河、长江和闽江水系人工养殖绒螯蟹成蟹品质比较采用养殖实验、解剖、生化组成分析、脂肪酸分析和游离氨基酸分析等方法,系统地比较了辽河、长江和闽江水系人工养殖绒螯蟹成蟹的肥满度、总可食率、可食组织脂肪酸和游离氨基酸组成。结果表明:（1）除三水系雌体GSI和雄体CF存在显着性差异（P<0.05）外,HSI和MY均无显着性差异（P>0.05）。（2）三水系绒螯蟹成蟹常规营养组成较为相近,除雌体肝胰腺中粗蛋白,雄体性腺中水分和总脂,肝胰腺中总脂存在显着性差异（P<0.05）外,其余指标均无显着性差异（P>0.05）。（3）在相同/相似的养殖条件下,辽河种群雌体肝胰腺和性腺中C22:6n3（DHA）、C20:5n3（EPA）、高不饱和脂肪酸HUFA和n-3/n-6多不饱和脂肪酸PUFA均显着高于长江和闽江种群（P<0.05）;长江种群雌体肌肉中C18:2n6、C20:2n6以及则要显着高于辽河和闽江种群（P<0.05）;闽江种群雌体肌肉中DHA、雄体EPA和HUFA显着高于辽河和长江种群（P<0.05）。（4）辽河种群雄体性腺中牛磺酸Tau、色氨酸Trp和雌体肌肉中苏氨酸Thr显着高于长江和闽江种群（P<0.05）;长江种群雌体肌肉中丙氨酸Ala显着高于辽河和闽江种群（P<0.05）;闽江种群雌体性腺中天冬酰胺Asn、丝氨酸Ser、异亮氨酸Ile和雄体肌肉中谷氨酰胺Gln均显着高于辽河和长江种群（P<0.05）。性腺中主要呈味氨基酸为谷氨酸Glu和精氨酸Arg,肌肉主要呈味氨基酸为Glu、甘氨酸Gly、Ala和Arg。综上,三水系成蟹可食组织中脂肪酸和游离氨基酸含量较为接近,但不同水系间DHA、EPA等脂肪酸和Tau、Trp、Thr等游离氨基酸存在显着性差异（P<0.05）,这可能与种质遗传特性有关。
朱文彬[5]（2020）在《鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析》文中指出鳙（Hypophthamichthys nobilis）是我国江、河、湖、库等大水面水体中特有的半洄游性鱼类,为典型的滤食性鱼类,是我国传统淡水养殖对象,具有悠久的养殖历史。本研究收集了9个鳙群体,分别来自包括4个国家级原种场鳙群体（湖北石首、湖南长沙、江西瑞昌和江苏邗江）、2个省级良种场亲本群体（江苏漕湖和广西玉林）和3个长江江段捕捞群体（镇江、张家港和常熟）,利用分子标记技术,结合群体遗传学、分子遗传学、数量遗传学和转录组学,从遗传变异分析、遗传参数估计、选育效果评估和早期生长发育转录组分析等方面开展研究,根据研究结果,构建选育基础群体,并开展不同杂交组合子代的遗传评估,获得优质杂交组合,同时结合转录组分析结果,制定鳙遗传改良技术方案。具体结果如下:1.鳙群体的遗传变异分析利用mt DNA D-Loop区序列,对鳙群体开展遗传变异分析。在共计401条D-loop序列（939bp）中共检测到37个变异位点（不含插入/缺失变异）,42个单倍型,单倍型多样性（Hd）介于0.665—0.905。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.0034—0.0068,结合遗传聚类分析,发现长江下游捕捞群体与中下游原种群体遗传距离较近,石首和美国群体与其它群体的遗传距离较远;其中,珠江流域玉林群体及美国群体与长江流域中游群体（长沙群体）遗传距离相对较近。分子方差分析及和遗传固定指数(FST)分析显示,群体间遗传变异占总变异6.58%,遗传差异极显着（P<0.01）,两两群体间遗传分化多数呈显着（P<0.05）或极显着分化（P<0.05）。采用15个微卫星标记结合荧光修饰及毛细管电泳分型技术,对鳙9个群体开展遗传变异分析,各微卫星位点等位基因数（Na）介于7～19个（平均13.53个）,有效等位基因数（Ne）介于1.78～9.05个（平均4.54个）,位点多态性信息含量介于0.40～0.88（平均值0.70）。群体水平遗传多样性参数比较发现,9个群体在等位基因数和杂合度水平的差异不明显,群体的平均表观杂合度（Ho）介于0.69～0.75,期望杂合度（He）介于0.70～0.74。基于群体间Nei’s遗传距离及UPGMA聚类树结果显示,长江下游的捕捞群体和原种群体间遗传距离较近并先聚类,然后与珠江水域（玉林）、长江中游群体（长沙）和上游群体（石首）聚类。根据群体间遗传分化指数、遗传距离等的热图分析发现,长江中上游群体及珠江水系玉林群体与下游群体的遗传差异相对更大。对个体的遗传结构分析也发现,长江中上游群体（石首）的遗传结构相对独立,与其它群体内样本的遗传结构差异较大;玉林群体的个体与长沙和瑞昌群体的遗传结构较为相似。研究表明,长江流域鳙的种质资源呈现较高的遗传变异,且近年来的捕捞群体维持了水域内种质资源的较高遗传多样性水平,可为遗传改良和品种选育提供较为丰富的遗传物质基础。2.鳙生长性状的遗传参数分析采用两个国家级原种场亲本群体（石首和邗江）构建选育基础群体,对2个群体进行群体繁殖（组1）和人工授精（组2）实验,并分别采集672尾30日龄鱼苗,用于开展早期生长性状的遗传分析。通过微卫星标记分别鉴定了其中628和660尾个体的亲本来源,并依此获取群体双列杂交的信息;亲本对应子代贡献率存在极显着差异（P<0.01）。在2个繁殖组中,体重和体长在家系间均存在极显着差异（P<0.01）;在组2中,体重和体长在交配设计间均存在显着差异（P<0.05）。此外,杂交组合的2个生长性状均呈现出中亲杂种优势（0.39-7.64%）,其特殊配合力也均为正值（0.01-0.02）。基于动物模型和限制性最大似然法,鳙30日龄体重和体长的遗传力估值分别为0.47和0.49,且均达到极显着水平（P<0.01）。体重和体长间存在极显着的遗传相关和表型相关（P<0.01）,分别为0.89和0.83。采用两个国家级原种场亲本群体（石首和邗江）进行群体繁殖（组1）和人工授精（组2）,待子代生长至10月龄时,随机从组1和组2中各采集1000尾,剪尾鳍进行亲子鉴定,并测量主要生长性状,用于遗传参数等研究。通过亲子鉴定,组1和组2分别鉴定958尾和914尾,鉴定率均超过90%。组1和组2的体重变异系数均最大,分别为15.91%和15.39%,体长变异系数最小,分别为5.57%和4.63%。组1中不同交配设计对体重、体长、头长、体高和体厚5个生长性状均有极显着影响（P<0.01）,组2中不同交配设计对体重、体长、头长、体高4个生长性状均有极显着影响（P<0.01）,而对体厚性状影响不显着（P>0.05）。组1和组2中的HJ×SS组合子代的体重、头长和体厚的均值在4个组合中最大;组1和组2内杂交子代的5个生长性状均存在中亲优势,组2内HJ×SS组合杂交子代的5个生长性状均存在超亲优势,所有杂交子代的特殊配合力也均为正值（0.01-0.02）。基于动物模型和限制性最大似然法,鳙10月龄体重、体长、头长、体高和体厚的遗传力估值分别为0.25、0.25、0.17、0.23和0.09,均达到显着水平（P<0.01）。两性状间遗传相关最大为体重和体厚（0.97）,最小为体重和头长（0.79）;两性状间表型相关最大为体长和体重（0.85）,最小为体厚和头长（0.42）。研究表明,通过家系构建和群体杂交,可以获得具有生长优势的鳙鱼苗,鳙30日龄和10月龄生长性状均具有较高选育潜力,杂交组合表现出杂种优势,可作为优质育种材料开展鳙的遗传改良。3.鳙选育系的生长性能评估为进一步评估鳙选育系的生长性能,在广西开展了鳙选育系和广西本地鳙的生产性对比试验,分别在2018年9月、12月和2019年5月对2个品系鳙的生长性状进行了测量。结果显示,试验期间鳙选育系的个体在生长性能上表现较优,鳙选育系和本地鳙的平均日增重分别为0.908g/d和0.858g/d;养殖初期进行个体标记时,鳙选育系体重变异系数大于本地鳙的体重变异系数,而后期两次抽样中,鳙选育系的体重变异系数显着小于本地鳙（P<0.01）,说明鳙选育系的个体规格在养殖过程中比本地鳙更趋于一致;鳙选育系的体长、头长、体高、体厚与体重之间的相关系数均达到了极显着水平（P<0.01）,体重与体长的相关系数最高为0.940,其次是头长和体长为0.938,体高和头长最低为0.750。4.鳙早期生长发育转录组分析鱼类生长发育过程中,早期生长发育是其生活史的一个关键过程,本研究对鳙的6个早期发育阶段进行了转录组测序,旨在了解鳙早期生长发育的分子调控机制。通过无参转录组拼接获得了76573个参考转录本,平均长度为1768bp。其中,有41742个（54.54%）转录本获得有效功能注释,另有59014个微卫星（SSR）位点被鉴定。此外,在相邻发育阶段的比较中观察到30199个差异表达的转录本（DETs）,通过6个生长发育阶段的序列聚类分析模拟了9种表达模式。在DS1期（囊胚期）后,转录本表达水平明显升高,而在随后的发育过程中DETs数量逐渐减少。从DS1到DS2（6肌节期）的转录组变化最大（上调或下调）,这一变化丰富了许多与母体到合子转变（MZT）相关的生物学过程和代谢途径。DS1和DS2期间的DETs的蛋白-蛋白互作（PPI）网络分析显示,来自同一代谢通路的基因（或蛋白质）呈现明显的互作关系,并表现出显着的共调控模式。在转录本相对表达量的时序性表达分析中,发现了1个可能与鱼卵孵化密切相关的表达模式（profile＿48）,该表达模式的基因仅在孵化前后呈现相对较高的表达水平,并从该表达模式中确定了一个孵化酶基因（hce1）与其他33个注释基因的严格共表达关系。该研究为鳙早期发育过程中组织分化、器官形成、早期生长过程的基因表达和调控研究提供了丰富的基础数据,尤其是母源-合子转化和孵化等重要生命活动相关功能基因的表达特征,可为后续对鳙早期发育及苗种质量相关研究提供参考数据。
崔文涛,郑国栋,苏晓磊,李宝玉,陈杰,邹曙明[6]（2020）在《鲂鲌杂交及回交F2群体的微卫星遗传结构及其生长性能分析》文中提出为了指导团头鲂（Megalobrama amblycephala）、翘嘴鲌（Culter alburnus）及其杂交F2、回交F2的育种工作,对两种回交F2、一种杂交F2及两种原始亲本共5个群体的遗传结构及生长性能进行研究。结果表明,团头鲂（MA）、翘嘴鲌（CA）、团头鲂♀×翘嘴鲌♂杂交F2（MC-F2）、团头鲂♀×MC♂回交F2（BC1-F2）、翘嘴鲌♀×MC♂回交F2（BC2-F2）的平均等位基因数（Na）分别为4.50、4.40、4.75、4.85、5.10,平均观测杂合度（Ho）分别为0.7683、0.5550、0.7967、0.8317、0.6200,平均期望杂合度（He）分别为0.6671、0.6308、0.6995、0.7240、0.6949,平均多态信息含量（PIC）分别为0.6046、0.5717、0.6406、0.6676、0.6339,BC1-F2群体的遗传多样性最高（P<0.05）。MA、MC-F2和BC1-F2群体大多数位点的Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数显示杂合子过量（D>0）,CA、BC2-F2群体出现了杂合子缺失现象（D<0）。聚类分析显示CA与BC2-F2首先聚类,MA与BC1-F2首先聚类再与MC-F2聚类,最后这2大类聚为一支。结合Nei’s遗传距离和遗传相似度分析,其杂交与回交后代均具有母本效应。引物Me.Am.15、Me.Am.1、TTF01、Mam25在5个群体中均产生特异性条带,可作为5个群体的鉴定标记。通过对5个群体的生长性能的测量,BC1-F2群体表现出显着的生长优势。该结果对鲂鲌杂交及回交后代的种质资源保护、种群鉴定及良种的选育具有重要意义。
崔文涛[7]（2020）在《鲂鲌杂交及回交群体的生长性能、微卫星遗传结构及三倍体诱导研究》文中认为团头鲂（Megalobrama amblycephala,MA）是我国重要的淡水养殖鱼类,年产量约80万吨。远缘杂交作为鱼类育种的一种重要手段,可以将亲本的优良性状相结合,通过形成新的基因型和表型来快速推动新物种的形成。由于杂交子代包含了两套甚至多套不同物种的基因组,通常表现出生长速度快、遗传多样性增加、肌肉品质提高等方面的杂种优势。然而理想杂种遗传性会随着世代的传递而逐渐丧失,回交作为一种巩固优良性状、稳定遗传特性的育种方法已经被育种者们广泛地应用于水产育种中。此外,可育杂交子代的逃逸会对自然种质资源造成极大地威胁,在鱼类育种中,可将杂交和三倍体两种选育手段相结合,不仅可以使杂交子代获得综合双亲的杂种优势,还能得到三倍体的不育特性。不仅如此,三倍体用于性腺发育的能量转移到生长和肉质改良上来,这也为鱼类育种的研究开辟了新方法。本实验室将人工杂交育种技术引入到团头鲂♀×翘嘴鲌（Culter alburnus,CA）♂,并在此基础上分别以团头鲂和翘嘴鲌为母本进行回交,获得了两性可育的异源二倍体鲂鲌杂交（F1-F4）、回交（F1-F3）新品系群体。本研究以鲂鲌杂交F2（MC-F2）、回交F2（BC1-F2、BC2-F2）及其原始亲本（MA、CA）为实验对象,并开展了鲂鲌杂交及回交的生长性能、遗传结构及三倍体诱导研究以下3个方面的研究,为鲂鲌鱼类育种研究奠定了坚实的基础。（1）构建出团头鲂（MA）、翘嘴鲌（CA）、团头鲂♀×翘嘴鲌♂杂交F2（MC-F2）、团头鲂♀×MC♂回交F2（BC1-F2）和翘嘴鲌♀×MC♂回交F2（BC2-F2）共5个育种群体,对5个群体的生长性能及肌肉营养品质进行分析,并采用电子舌分析了其滋味差异。结果显示:BC1-F2与其原始亲本及另两杂交子代相比表现出显着的生长优势（p<0.05）,其可量性状的比值偏向于回交母本团头鲂（Hi=43.94）。BC1-F2相较于其亲本团头鲂和翘嘴鲌具有较低的水分（p<0.05）和较高的粗蛋白含量（p<0.05）。氨基酸分析发现鲂鲌杂交及回交F2的总氨基酸、总必须氨基酸和呈味氨基酸均高于它们的原始亲本,BC1-F2的总氨基酸和总必须氨基酸均最高,分别为17.54%、6.92%。电子舌分析显示,五种鱼的滋味均具有明显差异,两回交子代的滋味均偏于其轮回亲本。综合分析结果表明,BC1-F2相比于其亲本不仅具有显着生长性能而且肌肉品质在一定程度上也得到了有效提高,更具有育种潜力。（2）对团头鲂（MA）、翘嘴鲌（CA）及其杂交F2（MC-F2）、回交F2（BC1-F2、BC2-F2）共5个群体进行微卫星遗传结构分析。结果表明:（1）MA、CA、MC-F2、BC1-F2、BC2-F2的平均等位基因数（Na）分别为:4.50、4.40、4.75、4.85、5.10,平均观测杂合度（Ho）分别为:0.7683、0.5550、0.7967、0.8317、0.6200,平均期望杂合度（He）分别为:0.6671、0.6329、0.6995、0.7240、0.6949,平均多态信息含量（PIC）分别为:0.6046、0.5717、0.6406、0.6676、0.6339,BC1-F2群体的遗传多样性最高（P<0.05）。MA、MC-F2和BC1-F2群体大多数位点的Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数显示杂合子过量（D>0）,CA、BC2-F2群体出现了杂合子缺失现象（D<0）。聚类分析显示CA与BC2-F2首先聚类,MA与BC1-F2首先聚类再与MC-F2聚类,最后这2大类聚为一支。结合Nei’s遗传距离和遗传相似度分析,其杂交与回交后代均具有母本效应。引物Me.Am.＿15、Me.Am.＿1、TTF01、Mam25在5个群体中均产生特异性条带,可作为五个群体的鉴定标记。该结果对鲂鲌杂交后代的种质资源保护、种群鉴定及良种的选育具有重要意义。（3）生产出具有生长快、肉质优且具有不育性鲂鲌新品系。本研究设置了静水压处理起始时间、处理强度和处理持续时间3个诱导条件进行团头鲂♀×（团头鲂♀×翘嘴鲌♂）♂F3（BC1-F3）三倍体的诱导,获得了诱导BC1-F3三倍体的最佳诱导条件。结果显示,通过静水压法诱导出BC1-F3三倍体,在孵化水温22±0.5℃,受精后3min进行处理,压强为50MP时,加压3 min,三倍体诱导效果最高,三倍体率为9.67%。染色体核型分析表明,三倍体BC1-F3具有72条染色体,核型为:3n=24m+36sm+12st,臂数NF=132;对照组二倍体有48条染色体,核型为:2n=14m+28sm+6st,臂数NF=90。本研究采用静水压法诱导处理BC1-F3受精卵,可以获得一定比例的三倍体BC1-F3,但总体诱导率偏低,还需继续探索BC1-F3三倍体诱导的最佳处理条件研究,对压强强度进行优化,以及增设更多不同的加压时间,以获得最佳的诱导效果。
刘津[8]（2019）在《深县猪不同世代间遗传变异的研究》文中认为为了分析深县猪保种群的保种效果,为深县猪及其同类地方猪群体保种方案的制定与调整提供理论依据,采用分层随机抽样的方法采集深县猪1-4世代的耳组织样164份,用线粒体基因组中进化速度较快的5个基因为标记和核基因组中27个微卫星位点两种分子标记对线粒体基因组和核基因组这两套遗传物质进行检测,结果如下:1.微卫星分子标记的监测结果显示,各世代的平均有效等位基因数在3.8681-4.1910之间,平均多态信息含量在0.5932-0.6545之间,平均期望杂合度在0.6497-0.6909之间,平均固定指数0.5043-0.5215。随着世代的更替,四个世代保种群的等位基因数逐代上升,保种的过程中未发现等位基因在传递过程中全部丢失的情况,各个世代的PIC值都高于0.5,可见整个种群呈现出高度多态,分析可以看出世代与世代间平均PIC值相差不大,这证明深县猪在保种过程中保持了稳定的多样性;4个世代虽然出现了近交现象,但近交程度没有出现升高的趋势。2.在深县猪mtDNA 5个基因4个世代群体的120条序列中,共检测出32种单倍型、27个变异位点,其中转换6次,颠换11次,颠换次数明显高于转换,说明深县猪群体有较强的偏倚性。深县猪1、2、3和4世代mtDNA 5个基因平均单倍型样度（HD）在0.3088-0.3794之间,平均核苷酸差异数（K）在0.3778-0.6467之间,核苷酸多样度（Pi）在0.000306-0.000452之间。群体内的平均单倍型多样性和核苷酸多样性在4个世代的变化保持稳定。4个世代均采用Tajima’s D值进行中性检验,经检验均不显着,符合中性突变。说明深县猪在世代传递过程中群体大小稳定,且保持了遗传多样性的稳定。3.对比两种遗传标记对深县猪遗传多样性检测结果,并与其他品种相比,深县猪核基因组的遗传多样性丰富,但线粒体DNA遗传多样性贫乏。证明深县猪恢复群体在起始世代有较好的遗传多样性,但母系来源较狭窄。父系血缘较丰富,对该群体遗传多样性具有重要贡献。4.在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,深县猪三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。由上述结果可得出如下结论:两种分子标记结果均显示深县猪在世代的遗传过程中群体数量保持稳定,遗传多样性处于平稳的水平,保种起到了良好的效果。
郑军红[9]（2019）在《文蛤分子标记的开发及在分子遗传学中的应用》文中研究说明文蛤（Meretrix petechialis）是一种具有重要经济价值的海洋双壳贝类,但由于过度开发和栖息地破坏,其种群数量已大大减少。文蛤的种质资源保护对于自然资源的可持续发展至关重要。近年来,随着研究的不断深入,生物遗传多样性无论对于物种的保护还是开发、利用,都有十分重要的意义。本实验将通过以下几方面的研究了解文蛤的遗传背景,比较文蛤不同地理群体的遗传多样性和不同壳色间的遗传差异,为文蛤种质资源的研究与品种选育工作提供理论基础和科学依据。本研究从文蛤EST数据库中开发了10个多态性微卫星标记（EST-SSR）,并在文蛤中进行了遗传特征分析。微卫星位点的等位基因数范围为4-30,平均每个微卫星位点等位基因数为10.9个。观测杂合度和期望杂合度分别在0.100-1.000和0.538-0.973之间变化,平均为0.713和0.750。PIC值介于0.423（Mmt09）至0.956（Mmt47）之间,平均值为0.695。利用9个微卫星位点与3个亲缘关系相近的物种（薪蛤、等边浅蛤、琴文蛤）进行了跨物种扩增研究,跨物种通用性范围为29.17%-100%。这些微卫星位点将有助于进一步研究该物种的种群结构和遗传分化。本研究中,我们对9个文蛤群体进行了微卫星分析,筛选了6个多态性高的微卫星标记用于遗传评估,分析了种群分化程度,检测了不同群体的遗传多样性水平。我们检测到共165个等位基因。在这6个微卫星位点中,等位基因的最小数目是4,每个位点的最大数目是30。观测杂合度最小值为0.717,最大值为0.861,期望杂合度的平均值为0.797,最大值为0.856。9个文蛤群体的FST=0.214,P<0.01,说明群体间的遗传分化程度是显着的。本文通过邻接法对9个文蛤群体进行聚类分析,结果表明,来自GX（广西）的文蛤群体独立为一支,其他8个群体聚成一支,表明每个种群中个体之间存在一定程度的遗传变异。本研究为我国文蛤种群遗传多样性的检测提供依据,也为文蛤种质资源提供了保护。我们通过微卫星标记分析9个种群的样本,研究了文蛤的遗传变异和种群结构。同时,利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I（mtCOI）基因评估了9个文蛤群体的遗传多样性和分化。获得共90个COI序列,每个COI序列长度为699 bp。鉴定了51个单倍型,其中10个单倍型在群体中共享。单倍型多样性在FJ（福建）,PJ（盘锦）和JS（江苏）中最高（0.9778±0.0540）,在DD（丹东）中最低（0.7778±0.1374）。核苷酸多样性在PJ中最高（0.4534±0.2405）,在JS中最低（0.0062±0.0041）。中性检验（Fu’s Fs）和错配分布分析显示,文蛤不排除种群扩张事件。分子方差分析（AMOVA）表明,91.7%的遗传方差在种群内,0.52%的方差在种群中,表明种群之间存在显着的遗传分化（P<0.05）。邻接树显示单倍型不是根据地理位置聚类,而是来自相同或相邻位置的一些单倍型组合在一起。本研究结果为文蛤的遗传多样性和种群结构提供了有用的信息,并为文蛤的资源管理和保护提供见解。采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）分子标记分析了文蛤9个群体的遗传多样性。从105对引物组合中筛选出8对条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到的位点数为12-23个,在9个文蛤群体中共检测到132个位点。JS群体的多态位点百分率最高（27.27%）。9个文蛤群体的Nei’S基因多样性在0.0647-0.0793之间,其中SD（山东）群体最低,NK（朝鲜）群体最高。Shannon’S信息指数在0.1023-0.1202之间,其中SD群体最低,JS群体最高。9个群体间的Nei’S无偏遗传距离为0.0243-0.0570,遗传相似度为0.9446-0.9760;GX和SD群体间遗传距离最大（0.0570）,亲缘关系较远,SD和JS群体间遗传距离最小（0.0243）,亲缘关系较近。这为文蛤的种质资源保护和良种选育提供了科学依据。采用SRAP-cDNA方法分析了两种壳色文蛤的差异表达基因,筛选与壳色相关的分子标记。采用30对稳定的引物组合对2种壳色文蛤cDNA进行扩增,有11对引物表现出差异片段,经过回收、克隆、测序后得到18条不同的差异序列,将测序结果进行BlastX比对分析,结果发现Ton依赖受体蛋白可能参与贝类壳色调控。根据差异序列设计了SCAR引物,并在“黄色”和“红色”文蛤中进行了PCR扩增,获得了4对差异引物.采用群体对四种标记（Me1/Em2,Me2/Em3,Me4/Em11 and Me4/Em12）进行验证,结果发现,Me1/Em2和Me2/Em3在“黄色”文蛤群体中呈现阳性,而Me4/Em11和Me4/Em12在“红色”文蛤群体中为阳性,并且这四种标记均可作为文蛤壳色相关标记。这为研究文蛤不同壳色基因调控奠定了基础,也为进一步研究文蛤壳色性状的分子遗传基础提供了有用的信息。
缪一恒[10]（2019）在《草鱼三水系间双列杂交F1生长及遗传差异分析》文中进行了进一步梳理草鱼（Ctenopharyngodon idella）是世界上养殖产量最高的鱼类。近些年来由于种质资源出现衰退现象,亲本后代主要经济性状有所退化,对草鱼种质资源的保护和开发工作亟待开展。本研究通过对三江水系（长江、珠江、黑龙江）草鱼进行完全双列杂交,并对获取的草鱼组合进行生长性能对比;采用微卫星多重PCR分析方法分析了草鱼组合的遗传变异参数。使用草鱼组合来开发IGF-2a基因中生长性状相关SNP位点,为草鱼种质评价与利用提供理论依据,为进一步草鱼的品种更新和遗传改良打下基础,本实验课题包括以下三个方面:1.对草鱼9个组合80日龄和170日龄体重与体长进行对比。结果表明,在80日龄阶段,杂交组合普遍较自繁组合体现出生长优势,到170日龄阶段,各组合间生长差异逐步显着。各个组合的两个时间段体重数据均显示,长江♀×珠江♂（CZ）>珠江♀×长江♂（ZC）>珠江♀×黑龙江♂（ZH）>黑龙江♀×珠江♂（HZ）>长江♀×黑龙江♂（CH）>黑龙江♀×长江♂（HC）>长江♀×长江♂（CC）>珠江♀×珠江♂（ZZ）>黑龙江♀×黑龙江♂（HH）。草鱼绝对增长率,80日龄至170日龄生长区间中,长江♀×珠江♂（CZ）组合增长速度最快（AGR=0.166）,黑龙江♀×黑龙江♂（HH）组合增速在9个组合中最低（AGR=0.079）,其中6个杂交组合普遍增重率比自繁组合更高,杂交组合体现较大优势。草鱼长江♀×珠江♂（CZ）组合的相对增重率在9个组合中最高（RGR=0.035）,黑龙江♀×黑龙江♂（HH）与黑龙江♀×长江♂（HC）相对增重率（RGR）均为0.025。以上数据表明,草鱼长江♀×珠江♂（CZ）组合为代表的杂交组合体重与生长速度较自繁组合体现明显优势。2.采用多重PCR技术对草鱼9个组合进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,草鱼9个组合平均等位基因数（Na）为5.75-12.33,平均有效等位基因数（Ne）为3.8077-6.3065,平均观测杂合度（Ho）为0.7682-0.9036,草鱼9个组合均显示出较高的遗传多样性水平,平均期望杂合度（He）为0.8385-0.6210,12个草鱼微卫星位点多态信息含量（PIC）分别为0.892、0.823、0.857、0.894、0.927、0.859、0.850、0.859、0.907、0.929、0.879 和 0.749,均表现为高度多态位点（PIC=0.749-0.929）。基于不同组合的Nei’s遗传相似性和遗传距离构建的UPGMA系统发育树显示,采用完全双列杂交获得的草鱼9个组合,其中杂交组合遗传多样性与遗传分化信息普遍高于自繁组合,可以说明总体的杂交效果较为明显,不同地理来源的草鱼群体杂交育种能够更好的体现远缘杂交优势,为草鱼优良品系的选育提供理论依据。3.本课题中,在草鱼IGF2-a基因序列进行拼接并检测出10个SNP位点,并与草鱼重要经济性状体长、体质量、肥满度等进行了关联分析。结果显示,检测到的10个位点中8个位点与生长性状显着相关。研究表明,经完全双列杂交得到的草鱼组合遗传多样性高,如果这些变异位点能与生长经济性状很好的关联在一起,那么将助于分子标记辅助育种。在本课题研究中,通过各突变位点分析发现,SNP1,SNP2,SNP3,SNP4,SNP5,SNP6,SNP7,SNP10 这些位点的突变基因型在草鱼初期生长发育过程中对体长与体质量表现显着差异,而SNP11与SNP12这两个位点在草鱼体长与体质量方面未表现出显着关系。我们可以推测以上几个位点对草鱼初期生长发育具有良好的突变优势。
二、5个选育系鸡群体遗传结构的微卫星分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、5个选育系鸡群体遗传结构的微卫星分析（论文提纲范文）
（1）红壳色文蛤选育群体遗传多样性的微卫星分析（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA提取 |
| 1.2.2 微卫星引物筛选及来源 |
| 1.2.3 PCR扩增 |
| 1.2.4 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 7个文蛤群体的微卫星遗传多样性 |
| 2.2 7个文蛤群体间的遗传变异及基因交流情况 |
| 2.3 7个文蛤群体间的遗传关系及聚类分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 文蛤群体的遗传多样性 |
| 3.2 7个文蛤群体的遗传分化 |
| 3.3 基因型分布偏离Hardy-Weinberg平衡 |
| 4 结论 |
（2）基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评价及群体遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 渔业资源的增殖放流 |
| 1.1.1 增殖放流的定义 |
| 1.1.2 国内外增殖放流的历史和现状 |
| 1.1.3 渔业资源增殖放流的遗传学影响 |
| 1.2 分子标记及其应用 |
| 1.2.1 分子标记的种类及其应用 |
| 1.2.2 微卫星分子标记及其在增殖放流中的应用 |
| 1.3 日本对虾的增殖放流 |
| 1.3.1 日本对虾研究进展 |
| 1.3.2 日本对虾增殖放流历史和现状 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 基于微卫星标记的日本对虾增殖放流研究 |
| 2.1 基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评估 |
| 2.1.1 前言 |
| 2.1.2 材料与方法 |
| 2.1.3 结果 |
| 2.1.4 讨论 |
| 2.2 日本对虾增殖放流对自然群体的遗传学影响 |
| 2.2.1 前言 |
| 2.2.2 材料与方法 |
| 2.2.3 结果 |
| 2.2.4 讨论 |
| 第三章 基于微卫星标记的日本对虾群体遗传学研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集 |
| 3.2.2 DNA的提取 |
| 3.2.3 PCR扩增 |
| 3.2.4 数据分析 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 荧光标记基因分型结果 |
| 3.3.2 群体遗传多样性 |
| 3.3.3 群体遗传结构 |
| 3.3.4 自由交配估计 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 群体遗传多样性分析 |
| 3.4.2 群体遗传结构分析 |
| 第四章 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 |
（3）笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究（论文提纲范文）
| 缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 安卡红鸡、巴布考克B380 蛋鸡、燕山红玉鸡的介绍 |
| 1.1.1 安卡红鸡的介绍 |
| 1.1.2 巴布考克B380 蛋鸡的介绍 |
| 1.1.3 燕山红玉鸡的介绍 |
| 1.2 国内外肉鸡生产现状 |
| 1.2.1 国外肉鸡业发展现状 |
| 1.2.2 国内肉鸡业发展现状 |
| 1.3 微卫星标记及在遗传育种中的运用 |
| 1.3.1 微卫星的结构 |
| 1.3.2 微卫星的功能 |
| 1.3.3 微卫星DNA标记作用机制 |
| 1.3.4 微卫星DNA标记在鸡遗传多样性研究中的应用 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 笼养燕山红玉肉鸡生长及屠宰性能测定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料的选择与分组 |
| 2.1.2 饲养管理 |
| 2.1.3 测定指标与方法 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 体重测定结果 |
| 2.2.2 体尺测定结果 |
| 2.2.3 屠宰性能测定结果 |
| 2.3 燕山红玉鸡体重生长曲线研究 |
| 2.3.1 材料和方法 |
| 2.3.2 三种生长曲线模型 |
| 2.3.3 统计分析 |
| 2.3.4 生长曲线拟合结果 |
| 2.4 体尺指标与屠宰性能相关性分析 |
| 2.4.1 材料和方法 |
| 2.4.2 数据处理 |
| 2.4.3 实验结果 |
| 2.5 燕山红玉体尺性状与屠宰性能的多元回归分析 |
| 2.5.1 材料和方法 |
| 2.5.2 数据处理 |
| 2.5.3 实验结果 |
| 2.6 讨论 |
| 2.6.1 对体重、体尺和屠宰性能指标的分析 |
| 2.6.2 燕山红玉鸡0-12 周龄生长规律拟合模型分析 |
| 2.6.3 燕山红玉鸡体重、体尺与屠宰性能的相关指标分析 |
| 2.7 小结 |
| 第三章 燕山红玉肉鸡及其亲本微卫星多样性分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 试验鸡群 |
| 3.2.2 微卫星位点信息 |
| 3.2.3 微卫星多态检测 |
| 3.2.4 统计软件与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 4 个鸡种在20 个微卫星位点的等位基因频率及分布 |
| 3.3.2 4 个鸡种20 个座位的等位基因数和有效等位基因数 |
| 3.3.3 4 个鸡种的遗传进化分析 |
| 3.3.4 4 个鸡种的聚类分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 样本数量和微卫星引物的选择 |
| 3.4.2 遗传多样性分析 |
| 3.4.3 4 个群体遗传进化和聚类分析 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 笼养燕山红玉肉鸡与性状相关的微卫星分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 微卫星位点信息 |
| 4.2.3 微卫星多态检测方法 |
| 4.2.4 数据统计与分析 |
| 4.2.5 统计软件与分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 总DNA的提取与质检 |
| 4.3.2 PCR扩增产物检测 |
| 4.3.3 STR基因分型 |
| 4.3.4 各标记的等位基因数、等位基因频率、杂合度和多态信息含量 |
| 4.3.5 方差分析结果 |
| 4.3.6 与性状关联显着的标记座位的多重比较 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 笼养条件下燕山红玉鸡微卫星位点的群体遗传特性分析 |
| 4.4.2 微卫星标记与体尺和屠宰性状间的相关性分析 |
| 4.4.3 与性状关联显着的标记座位不同基因型间的多重比较 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 论文受资助情况 |
| 致谢 |
（4）中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘、养殖性能和品质评价（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 中国沿海绒螯蟹种质资源评价研究进展 |
| 1.1 形态学评价 |
| 1.2 遗传多样性评价 |
| 1.2.1 细胞核基因组DNA标记 |
| 1.2.2 线粒体基因组DNA标记 |
| 1.3 养殖性能评价 |
| 1.4 品质评价 |
| 1.4.1 营养品质评价 |
| 1.4.2 风味品质评价 |
| 1.4.3 色泽品质评价 |
| 第二章 长江、瓯江、闽江和南流江水系野生绒螯蟹遗传多样性比较 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 主要试剂耗材和仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 总DNA质量检测 |
| 2.2.3 聚合酶链式反应 |
| 2.2.4 数据处理分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 微卫星位点多态性及群体遗传多样性 |
| 2.3.2 线粒体COI基因标记群体遗传多样性 |
| 2.3.3 微卫星标记群体遗传分化 |
| 2.3.4 线粒体COI标记群体遗传分化 |
| 2.3.5 瓶颈效应分析 |
| 2.3.6 遗传结构分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 遗传多样性 |
| 2.4.2 遗传分化 |
| 2.4.3 瓶颈效应与遗传结构 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 辽河、长江、瓯江和闽江水系绒螯蟹F1养殖性能比较 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 扣蟹阶段养殖管理 |
| 3.2.2 成蟹阶段养殖管理 |
| 3.2.3 扣蟹养殖性能测定 |
| 3.2.4 成蟹养殖性能测定 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 扣蟹阶段养殖性能 |
| 3.3.2 成蟹阶段养殖性能 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 中华绒螯蟹1龄性早熟自交和1龄性早熟与2龄正常成熟杂交F1养殖性能及可食率比较 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 扣蟹阶段养殖管理 |
| 4.2.2 成蟹阶段养殖管理 |
| 4.2.3 扣蟹养殖性能测定 |
| 4.2.4 成蟹养殖性能测定 |
| 4.2.5 数据分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 扣蟹阶段养殖性能 |
| 4.3.2 成蟹阶段养殖性能 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 辽河、长江和闽江水系人工养殖绒螯蟹成蟹品质比较 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 主要试剂耗材和仪器 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 肥满度和总可食率测定 |
| 5.2.2 常规营养成分测定 |
| 5.2.3 脂肪酸组成测定 |
| 5.2.4 游离氨基酸组成测定 |
| 5.2.5 数据分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 总可食率和肥满度比较 |
| 5.3.2 可食组织常规营养成分比较 |
| 5.3.3 可食组织脂肪酸组成比较 |
| 5.3.4 可食组织游离氨基酸组成及呈味强度比较 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 肥满度、总可食率和常规营养成分比较 |
| 5.4.2 可食组织中脂肪酸和游离氨基酸含量比较 |
| 5.5 本章小结 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间的学术成果 |
| 致谢 |
（5）鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 鳙种质资源研究进展 |
| 1.1 鳙的自然分布 |
| 1.2 鳙的养殖现状 |
| 1.3 鳙种质资源研究现状 |
| 1.3.1 鳙的形态学研究 |
| 1.3.2 鳙细胞遗传学研究 |
| 1.3.3 鳙蛋白标记研究 |
| 1.3.4 鳙分子标记研究 |
| 1.4 鳙种质资源的保护和利用 |
| 1.4.1 鳙种质资源保护 |
| 1.4.2 鳙种质资源利用 |
| 第二章 鳙群体的遗传变异分析 |
| 第一节 鳙群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析 |
| 2.1.1 材料与方法 |
| 2.1.2 结果 |
| 2.1.3 讨论 |
| 第二节 鳙群体遗传变异的微卫星分析 |
| 2.2.1 材料与方法 |
| 2.2.2 结果 |
| 2.2.3 讨论 |
| 第三章 鳙生长性状的遗传参数分析 |
| 第一节 鳙30日龄生长性状的遗传参数分析 |
| 3.1.1 材料与方法 |
| 3.1.2 结果 |
| 3.1.3 讨论 |
| 第二节 鳙10月龄生长性状的遗传参数分析 |
| 3.2.1 材料与方法 |
| 3.2.2 结果 |
| 3.2.3 讨论 |
| 第四章 鳙选育系的生长性能评估 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 鳙早期生长发育转录组分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 发表论文情况 |
| 致谢 |
（7）鲂鲌杂交及回交群体的生长性能、微卫星遗传结构及三倍体诱导研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 一、鱼类远缘杂交的研究进展 |
| 二、鱼类肌肉营养品质的研究进展 |
| 三、鱼类杂交三倍体诱导的研究进展 |
| 四、研究的目的及意义 |
| 第一章 鲂鲌杂交及回交F2群体的生长性能和肌肉品质分析 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 养殖实验和生长性能 |
| 1.1.3 可量性状的度量 |
| 1.1.4 实验鱼的肌肉样品处理 |
| 1.1.5 测试项目与方法 |
| 1.1.6 电子舌 |
| 1.1.7 数据处理 |
| 1.2 结果与分析 |
| 1.2.1 生长性能分析 |
| 1.2.2 可量形状分析 |
| 1.2.3 基本营养成分 |
| 1.2.4 氨基酸组成 |
| 1.2.5 五种鱼的电子舌分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.3.1 回交后代的生长优势分析 |
| 1.3.2 回交后代的肉质优势分析 |
| 1.3.3 远缘杂交有效改良品种 |
| 第二章 鲂鲌杂交及回交F2群体的微卫星遗传结构分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验鱼 |
| 2.1.2 微卫星分析 |
| 2.1.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.1.2.2 微卫星引物筛选与来源 |
| 2.1.2.3 PCR反应体系、扩增程序、产物检测与数据统计 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 微卫星PCR扩增结果 |
| 2.2.2 Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数 |
| 2.2.3 五个群体间的遗传关系和聚类分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 杂交、回交群体的遗传多样性分析 |
| 2.3.2 回交子代的遗传效应 |
| 第三章 静水压诱导鲂鲌回交三倍体的研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验鱼 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 实验所用仪器设备 |
| 3.1.4 鲂鲌人工催产“授精”及静水压诱导染色体加倍的条件设置 |
| 3.1.5 相对孵化率和三倍体率的计算 |
| 3.1.6 染色体的制备 |
| 3.1.7 数据统计与处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 各条件对孵化率和三倍体率的影响 |
| 3.2.2 倍性的鉴定 |
| 3.2.3 染色体核型分析 |
| 3.3 讨论 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 硕士期间研究成果 |
（8）深县猪不同世代间遗传变异的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩写词 |
| 1 引言 |
| 1.1 地方猪遗传资源状况 |
| 1.2 家畜遗传资源与遗传多样性 |
| 1.3 遗传多样性的分析方法 |
| 1.4 影响群体遗传多样性效果的因素 |
| 1.5 保种与遗传多样性的监测 |
| 1.6 本研究的内容与意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 试验试剂及仪器设备 |
| 2.2 试验方法与步骤 |
| 2.2.1 耳组织DNA的提取 |
| 2.2.2 微卫星位点的选择 |
| 2.2.3 PCR的扩增 |
| 2.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳试剂的制备 |
| 2.2.5 非变性聚丙烯凝胶电泳 |
| 2.2.6 mtDNA基因引物的设计、PCR扩增及测序 |
| 2.3 遗传多样性指标的计算 |
| 2.3.1 观察等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne) |
| 2.3.2 杂合度(Heterozygosity,H) |
| 2.3.3 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
| 2.3.4 F-统计量(F-statistics) |
| 2.3.5 单倍型(H)和单倍型多样性(Hd) |
| 2.3.6 核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K) |
| 2.3.7 Tajima中性检验 |
| 2.3.8 CytB基因序列分子系统发育树的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 深县猪27 个微卫星位点遗传多样性分析 |
| 3.1.1 深县猪27 个微卫星位点等位基因频率 |
| 3.1.2 4个世代的等位基因数和有效等位基因数 |
| 3.1.3 4个世代的杂合度、多态信息含量 |
| 3.1.4 4个世代的遗传变异 |
| 3.2 深县猪mtDNA基因遗传多样性 |
| 3.2.1 深县猪mtDNA基因目的片段的扩增 |
| 3.2.2 PCR产物测序结果 |
| 3.2.3 基于mtDNA CytB基因遗传多样性分析 |
| 3.2.4 基于mtDNA COI基因遗传多样性分析 |
| 3.2.5 基于mtDNA ND1 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.6 基于mtDNA ND2 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.7 基于mtDNA ND5 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.8 深县猪mtDNA5 个基因不同世代遗传多样性 |
| 3.2.9 基于CytB基因全序列的系统进化树 |
| 4 讨论 |
| 4.1 深县猪采集样品的代表性 |
| 4.2 基于微卫星位点深县猪群体遗传多样性变化 |
| 4.3 基于mtDNA基因深县猪群体遗传多样性变化 |
| 4.4 mtDNA CytB基因的系统发育 |
| 4.5 两种不同分子标记间的对比 |
| 4.6 深县猪保种工作的建议 |
| 4.7 本研究的局限性与有待进一步研究的问题 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附件 各微卫星位点聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱 |
| 在读期间发表的学术论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（9）文蛤分子标记的开发及在分子遗传学中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 微卫星标记的概述 |
| 1.1.1 微卫星标记的特点 |
| 1.1.2 微卫星多态性产生的机理 |
| 1.1.3 微卫星标记的应用 |
| 1.2 微卫星标记开发方法 |
| 1.2.1 构建基因组文库法 |
| 1.2.2 近缘物种通用法 |
| 1.2.3 数据库查找法 |
| 1.3 遗传多样性及研究方法 |
| 1.3.1 遗传多样性的概念 |
| 1.3.2 遗传多样性的研究方法 |
| 1.3.2.1 形态学标记 |
| 1.3.2.2 细胞学标记 |
| 1.3.2.3 生化标记 |
| 1.3.2.4 分子标记 |
| 1.3.3 DNA分子标记种类 |
| 1.3.3.1 随机扩增多态性DNA |
| 1.3.3.2 扩增片段长度多态性 |
| 1.3.3.3 微卫星标记 |
| 1.3.3.4 线粒体DNA |
| 1.3.3.5 相关序列扩增多态性 |
| 1.3.3.6 特定序列扩增 |
| 1.4 DNA分子标记在海洋贝类群体遗传多样性的研究进展 |
| 1.5 文蛤分子遗传学研究现状 |
| 1.5.1 文蛤分类地位及生物学特征 |
| 1.5.2 文蛤遗传多样性研究 |
| 1.6 研究的目的和意义 |
| 第二章 文蛤新型EST-SSR的表征和在其他三个物种中的跨物种扩增 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 样品处理 |
| 2.3.2 DNA提取 |
| 2.3.3 序列获得及引物设计 |
| 2.3.4 引物筛选 |
| 2.3.5 群体多态性检测 |
| 2.3.6 跨物种PCR扩增 |
| 2.3.7 数据记录及分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 微卫星引物筛选 |
| 2.4.2 群体遗传多样性 |
| 2.4.3 跨物种扩增 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 文蛤9个地理群体遗传多样性微卫星分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 DNA提取 |
| 3.3.2 SSR标记分析 |
| 3.3.3 遗传多样性数据分析 |
| 3.3.4 样本群体的聚类分析 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 群体遗传多样性和基因型频率和等位基因 |
| 3.4.2 种群间的遗传分化 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 标记信息量 |
| 3.5.2 文蛤的遗传多样性 |
| 3.5.3 种群的遗传分化特征 |
| 第四章 基于线粒体COI基因的文蛤不同地理种群的遗传变异和种群结构 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 DNA提取 |
| 4.3.2 线粒体COI扩增和测序 |
| 4.3.3 数据分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 遗传多样性 |
| 4.4.2 群体遗传结构 |
| 4.4.3 历史种群扩张 |
| 4.4.4 系统发育分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 群体遗传多样性 |
| 4.5.2 群体遗传分化 |
| 第五章 SRAP标记分析文蛤9 个不同地理群体的遗传多样性 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 基因组DNA提取及检测 |
| 5.3.2 引物序列的确定 |
| 5.3.3 SRAP-PCR扩增体系的优化及产物的检测 |
| 5.3.4 SRAP谱带统计分析及遗传学指标的计算 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.4.1 SRAP扩增带型 |
| 5.4.2 群体遗传多样性 |
| 5.4.3 群体遗传分化 |
| 5.5 讨论 |
| 第六章 不同壳色文蛤的SRAP-cDNA差异分析及SCAR标记 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 实验材料 |
| 6.3 实验方法 |
| 6.3.1 组织RNA的提取 |
| 6.3.2 cDNA的合成 |
| 6.3.3 SRAP-cDNA示差分析 |
| 6.3.4 特异扩增片段的回收、克隆、测序及比对 |
| 6.3.5 SCAR引物的设计与验证 |
| 6.4 实验结果 |
| 6.4.1 SRAP-cDNA示差分析 |
| 6.4.2 差异序列比对分析及SCAR标记转化 |
| 6.4.3 标记的验证 |
| 6.5 讨论 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文目录 |
| 致谢 |
（10）草鱼三水系间双列杂交F1生长及遗传差异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 分子标记辅助育种手段在鱼类育种中的应用 |
| 1. 选择育种在鱼类育种中的应用 |
| 1.1 家系选育 |
| 1.2 群体选育 |
| 1.3 后裔鉴定 |
| 2. 杂交育种在鱼类种质资源研究中的应用 |
| 3. 分子标记辅助育种在鱼类种质资源研究中的应用 |
| 3.1 微卫星标记的应用 |
| 3.2 SNP分子遗传标记的应用 |
| 4. 前景与展望 |
| 第二章 草鱼选育组合建立及生长性能分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 数据处理与分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 9个草鱼组合各时间段生长参数对比 |
| 2.2 9个草鱼组合不同生长阶段体重变异系数的比较 |
| 3 讨论 |
| 第三章 草鱼三个水系间双列杂交组合的遗传变异微卫星分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料与DNA提取 |
| 1.2 微卫星引物与PCR扩增 |
| 1.3 数据统计及分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 微卫星位点多态性 |
| 2.2 草鱼选育组合遗传多样性 |
| 2.3 组合间的遗传分化 |
| 3 讨论 |
| 第四章 草鱼IGF-2a基因全序列SNPs与生长性能的相关性分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA提取与数据生长数据测量 |
| 1.3 草鱼IGF-2a基因SNP位点筛选分型及验证 |
| 1.4 数据处理及统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 草鱼IGF2-a基因序列SNP筛选 |
| 2.2 IGF2-a基因SNP位点的验证及多态性分析 |
| 2.3 SNP位点连锁不平衡分析 |
| 2.4 SNP位点基因型与生长性状关联分析 |
| 3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 硕士期间发表的论文 |
| 致谢 |
四、5个选育系鸡群体遗传结构的微卫星分析（论文参考文献）
- [1]红壳色文蛤选育群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 田镇,陈爱华,曹奕,吴杨平,张雨,陈素华,张志东,李秋洁. 南方农业学报, 2021
- [2]基于微卫星标记的日本对虾增殖放流效果评价及群体遗传学研究[D]. 赵雨. 天津农学院, 2021(08)
- [3]笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究[D]. 王金帅. 河北科技师范学院, 2021(08)
- [4]中国沿海绒螯蟹种质资源挖掘、养殖性能和品质评价[D]. 王世会. 上海海洋大学, 2020(01)
- [5]鳙群体遗传与生长性状评估及早期发育转录组分析[D]. 朱文彬. 上海海洋大学, 2020
- [6]鲂鲌杂交及回交F2群体的微卫星遗传结构及其生长性能分析[J]. 崔文涛,郑国栋,苏晓磊,李宝玉,陈杰,邹曙明. 中国水产科学, 2020(06)
- [7]鲂鲌杂交及回交群体的生长性能、微卫星遗传结构及三倍体诱导研究[D]. 崔文涛. 上海海洋大学, 2020(03)
- [8]深县猪不同世代间遗传变异的研究[D]. 刘津. 河北农业大学, 2019(01)
- [9]文蛤分子标记的开发及在分子遗传学中的应用[D]. 郑军红. 大连海洋大学, 2019(03)
- [10]草鱼三水系间双列杂交F1生长及遗传差异分析[D]. 缪一恒. 上海海洋大学, 2019(03)