一、Comparison between Marker-assisted Selection and Phenotypical Selection for Fiber Strength and Resistance to Helicoverpa armigera in Upland Cotton（论文文献综述）
张小微[1]（2021）在《基于BSA-seq技术的陆地棉（G.hirsutumL.）产量和品质性状的QTL定位》文中提出
马诗洋[2]（2021）在《老化对棉花纤维品质的影响》文中指出【目的】棉花（Gossypium hirsutum L.）是世界性的主要经济作物,也是纺织行业最重要的天然纤维来源,其品质的好坏直接决定纺织企业的效益和织物的质量。然而,原棉在生产、加工和储存过程中易发生黄化和强力下降等老化问题,影响后续纺织和出售。由于棉纤维品质很大程度上取决于品种的遗传特性,因此通过基因改良品种性状为减轻纤维黄化问题提供了可能。本研究旨在研究老化对棉纤维黄度、强度等品质性状的影响,探寻产生棉纤维黄化的原因,探讨利用分子技术降低、甚至消除黄化的可能性。【方法】本研究采用高温、强光、化学试剂处理等方法人工加速老化棉纤维,利用HVI1000大容量棉纤维测试仪检测纤维品质;利用溶剂浸提法提取棉纤维原花色素,通过实时荧光定量PCR分析不同棉花品种纤维发育过程中Gh LAR、Gh ANR基因的表达量;构建Gh LAR、Gh ANR基因敲除和RNAi干扰载体,利用农杆菌介导法遗传转化陆地棉“YZ-1”下胚轴,获得棉花转基因株系。【结果】（1）分别用60℃、75℃、90℃烘箱干热处理棉纤维1 h、2 h、3 h、4 h、5 h后,纤维黄度（+b）值随着温度和时间的增加而上升,纤维强度值随之下降;水浴锅浸泡处理后纤维黄度（+b）值在60℃没有变化,75℃时增加,90℃时下降,纤维强度值随着温度和时间的增加而减弱;高压灭菌锅105℃、120℃、135℃处理棉纤维1 h、2 h、3 h、4 h、5 h后发现,纤维黄度（+b）值随着温度和时间的增加而上升,纤维强度值随着温度和时间的增加而减弱,且纤维颜色也随之变为棕色;高压灭菌锅同等条件下水浴处理,纤维黄度（+b）值在105℃、120℃处理随时间延长而减小,135℃随之增加,纤维强度值随着温度和时间的增加而减弱;太阳强光暴晒与人工气候箱处理棉纤维10 d、20 d、30 d,纤维黄度（+b）值与强度值都随时间增加而减小;HCl（p H=2）溶液、Na OH（p H=12）溶液分别浸泡棉纤维6 h、12 h、18 h、24 h、48 h,棉纤维黄度（+b）值和强度值随着时间的延长而减小。（2）正丁醇-盐酸原花色素提取实验发现,未成熟棉纤维原花色素提取溶液呈现红色,成熟棉纤维原花色素提取溶液没有颜色变化。用550 nm吸光度值计算原花色素含量发现,未成熟棉纤维原花色素含量是成熟棉纤维的3倍左右。通过对HY171、19-43-58、2004-2、YZ-1等4个棉花品种纤维发育5 DPA、10 DPA、15 DPA、20 DPA、25 DPA原花色素代谢途径关键酶基因Gh LAR、Gh ANR表达分析发现,两个基因在YZ-1品种纤维的表达水平显着低于其他3个品种,Gh LAR在4个品种中的表达均随着纤维发育逐渐降低,Gh ANR则呈现出先增加后减小的趋势,并在15 DPA表达水平最高,表达量大约是Gh LAR的70倍;在4个品种中,Gh ANR的表达水平始终高于Gh LAR,20 DPA开始,Gh ANR在HY171的表达水平显着高于其他3个品种。（3）构建Gh LAR、Gh ANR基因敲除和RNAi干扰载体,用农杆菌介导法转化棉花,获得转基因植株。【结论】人工加速棉纤维老化发现,老化对纤维黄度、强度均产生较大影响,高温环境中,温度和湿度共同作用时,棉纤维黄化程度更显着;不同棉花品种中Gh LAR、Gh ANR基因表达水平存在显着差异,黄度系数（+b）值更高的品种HY171,其纤维发育后期（25 DPA）Gh LAR、Gh ANR的表达水平高于其他品种,表明Gh LAR、Gh ANR的基因表达水平可能影响棉纤维黄度;通过遗传转化实验获得Gh LAR、Gh ANR基因敲除和干扰的胚性愈伤,为进一步探索Gh LAR、Gh ANR基因与棉纤维黄度之间关系的研究奠定了基础。
马君睿[3]（2021）在《陆地棉与野生种系尖斑棉杂交群体产量及纤维品质QTL定位》文中研究指明棉花是天然纤维作物,是纺织业必不可少的原材料,同时棉花也是重要的油料来源作物,棉籽经过加工生产可以为我们提供生活中不可或缺的优质植物油。陆地棉种植分布范围广、产量高,但陆地棉种内遗传基础较为狭窄,严重影响棉花遗传改良。陆地棉野生种系与栽培种陆地棉的亲缘关系较近,杂交后代可育,可以直接作为育种材料;而且陆地棉野生种系具有许多优良性状,比如显着的抗虫性、抗病性、优良的耐旱耐盐碱能力,对拓宽陆地棉遗传基础、丰富陆地棉种植资源具有重要的意义。本研究利用陆地棉栽培品种中棉所35作为母本,陆地棉野生种系尖斑棉TX-230作为父本,构建F2:7重组自交系群体。利用SLAF-seq技术得到的SNP标记和SSR标记构建高密度遗传连锁图谱,定位棉花产量和纤维品质性状QTL,为拓宽陆地棉遗传基础奠定基础。主要的研究结果如下:1.产量及纤维品质性状表现在2019-2020年四个环境下,（中棉所35×TX-230）F2:7重组自交系群体产量和纤维品质性状呈连续分布。相关性分析表明,在全部的四个环境中,纤维整齐度、纤维伸长率、纤维长度、断裂比强度两两之间都呈极显着正相关;子指与衣分均呈极显着负相关;衣分与马克隆值呈极显着正相关;在2019海南三亚、2020新疆库尔勒、2020新疆奎屯三个环境下,衣指分别与铃重、百粒重、纤维长度、马克隆值均呈极显着正相关。2.遗传图谱构建利用SLAF-seq技术和SSR技术对（中棉所35×TX-230）F2:7重组自交系群体进行全基因组标记基因型检测,构建的高密度遗传图谱包含2412个位点（2338个SNP位点和74个SSR位点）,总图距4696.77 c M,标记间的平均遗传距离为1.95 c M。At亚组有1354个位点,覆盖长度为2434.55 c M,标记间平均遗传距离为1.80 c M。Dt亚组有1058个位点,覆盖长度为2262.25 c M,标记间平均遗传距离为2.14 c M。3.产量及纤维品质性状QTL定位到产量和纤维品质性状QTL共130个,其中包括81个产量性状QTL、49个纤维品质QTL。4个环境下均能检测到的QTL有6个（5个衣分QTL、1个籽指QTL）;能在3个环境下检测到的QTL有9个（6个衣分QTL、2个衣指QTL、1个子指QTL）;能在2个环境下检测到的QTL有28个（14个衣分QTL、4个子指QTL、5个衣指QTL、1个铃重QTL、4个纤维长度QTL）;定位到数量最多的是衣分相关QTL,共有36个,数量最少的是纤维伸长率相关QTL,共定位到2个。这些在3个或4个环境检测到的稳定QTL,可进行下一步精细定位和图位克隆研究。
张潇[4]（2021）在《陆地棉野生系阔叶棉产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定》文中研究表明棉花是世界上最重要的天然纤维作物,也是重要的油料作物和蛋白作物。陆地棉是世界上种植范围最广泛的栽培种,生产了世界上95%以上的棉花。但是由于经过人类长期的人工选择和遗传改良中少数种质的应用,导致陆地棉种内遗传多样性丧失,遗传基础越渐狭窄,优异资源匮乏,限制高产、优质、多抗棉花新品种的培育。陆地棉野生种系是野生种与栽培种之间的中间类型,其遗传多样性丰富,且具有结铃性强、铃大、纤维品质优异等特点。因此,鉴定陆地棉野生系优良等位基因可为陆地棉遗传改良提供宝贵基因资源。本研究以陆地棉丰产品种中棉所35和陆地棉野生棉阔叶棉大铃材料阔19为亲本,构建包括171个株系的[（中棉所35×阔叶棉19）×中棉所35]BC1F2:7重组自交系群体,利用SSR引物和SLAF-seq检测的SNP标记构建遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状鉴定数据,定位棉花产量和纤维品质性状QTL。其结果如下:1.产量和纤维品质性状分析群体产量和纤维品质相关性状在7个环境整体均呈正态分布,变异范围较大,且呈连续分布。方差分析结果显示棉花产量、纤维品质性状除了受基因型控制外,同时也有极显着的环境效应。产量和纤维品质性状间相关性分析表明:子指与衣分和马克隆值呈极显着负相关,与其他性状呈极显着正相关;铃重与衣指呈极显着正相关;衣分与马克隆值呈极显着负相关;衣指与纤维品质性状至少在1个环境中表现为正相关;纤维上半部长度、纤维整齐度和纤维比强度之间呈极显着正相关与马克隆值呈极显着负相关,马克隆值与纤维伸长率无关;产量和纤维品质性状除了马克隆值外都与种子相关性状呈极显着正相关。2.遗传图谱构建利用SLAF-seq技术对重组自交系进行高通量测序获得的SNP标记,以及通过亲本间多态性筛选和群体标记基因检测获得的SSR标记,构建了一张包含1771个位点（1728个SNP标记和43个SSR标记）的遗传图谱,图谱遗传距离为4259.691c M,标记间平均遗传距离4.815 c M,覆盖陆地棉基因组98.75%。At亚组共有938个多态性标记,遗传距离为2219.086 c M,标记间的平均距离为2.366 c M,覆盖At亚组的98.33%;Dt染色体亚组有833个SNP标记,遗传距离为2040.605 c M,标记间的平均遗传距离为2.450 c M,覆盖Dt亚组的96.75%。3.产量性状和纤维品质相关性状QTL定位结合构建的[（中棉所35×阔叶棉19）×中棉所35]BC1F2:7重组自交系群体遗传图谱和产量和纤维品质相关性状在6个不同环境的表型数据,本研究一共定位到339个产量和纤维品质相关性状QTL。产量性状有183个QTL,其中,31个子指QTL,解释性状表型变异6.5-21.4%;44个铃重QTL,解释性状表型变异6.6-28.5%;26个衣分QTL,解释性状表型变异6.7-15.8%;12个衣指QTL,解释性状表型变异6.6-10.9%;68个QTL种子相关性状（种子面积、种子长、种子宽）,解释性状表型变异6.6-27.9%。纤维品质有156个QTL,46个QTL纤维上半部长度,解释性状表型变异6.6-35.4%;27个纤维整齐度QTL,解释性状表型变异6.6-17.3%;46个QTL纤维比强度,解释性状表型变异6.5-26.7%;11个马克隆值QTL,解释性状表型变异6.6-21.6%;26个纤维伸长率QTL,解释性状表型变异6.5-16.2%。4.稳定的产量性状和纤维品质相关性状QTL82个QTL在不同环境中重复检测到,包括34个产量性状QTL,48个纤维品质性状QTL。产量性状中有17个子指QTL、8个铃重QTL、8个衣分QTL,1个衣指QTL;17个QTL的有利等位基因来源阔叶棉19,17个QTL有利等位基因来源中棉所35。纤维品质性状QTL中有20个上半部长度QTL、22个比强度QTL、1个马克隆值QTL、3个整齐度QTL、2个伸长率QTL;有31个QTL增效基因来源阔叶棉19,17个QTL增效基因来自中棉所35。此外,246个QTL集中分布在47个QTL簇中。这些多环境鉴定的QTL（尤其有利等位基因来源阔19的QTL）可用于陆地棉分子标记辅助育种。
杨乐[5]（2021）在《陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位》文中指出棉花是我国重要的经济作物,在我国国民经济中占有不可替代的作用。目前,陆地棉种内种质资源匮乏,遗传基础相对狭窄,棉花纤维产量和品质之间存在一定的负相关,同步改良产量和品质有困难。利用远缘杂交,将陆地棉栽培品种与野生种系杂交,对后代进行选育,能使野生种系的有益性状转移到栽培陆地棉中,从而培育棉花新品种。本研究以高产、适应性广的陆地棉栽培品种中棉所35号为母本,以具有抗黄萎病、耐寒、耐旱等特点的陆地棉野生种系帕默尔棉TX-832为父本,构建了包含182个家系的（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系群体。利用SSR标记和SLAF-seq测序获得的SNP标记构建了覆盖陆地棉全基因组的高密度遗传图谱,结合六个环境下重组自交系群体的产量性状和纤维品质表型数据,鉴定了产量和纤维品质性状QTL。主要研究结果如下:1.遗传图谱构建将SLAF-seq测序获得的15765个SNP标记和亲本间具有多态性的153个SSR标记,共计15918个标记,利用作图软件进行遗传图谱构建,将共分离标记整合,最终获得一张包含3311个位点的陆地棉种内高密度遗传图谱,覆盖全长4690.73c M（A亚组2603.84 c M,D亚组2086.90 c M）,位点间平均距离为1.46 c M。其中,SNP位点3158个,SSR位点153个;A亚组位点1758个（1679个SNP位点,79个SSR位点）,D亚组位点1553个（1479个SNP位点,74个SSR位点）;该图谱各条染色体覆盖陆地棉TM-1基因组比率均达95.97%以上。2.群体产量和纤维品质的性状表现（中棉所35号×TX-832）F2:6重组自交系各产量性状和纤维品质变异范围较广,整体上都呈连续的正态分布。群体在铃重、籽指、衣分、衣指、纤维长度、整齐度和断裂比强度等性状中都表现出明显的超亲分离现象。相关性分析表明:籽指、衣指、铃重、纤维长度、断裂比强度、整齐度、伸长率等指标两两之间在至少一个环境下呈显着或极显着正相关;马克隆值、衣分、衣指等指标两两之间在多个环境下呈极显着正相关。3.产量、纤维品质QTL定位利用构建的高密度遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状,在26条染色体鉴定到了68个产量QTL和180个纤维品质QTL。有24个QTL有利等位基因来自帕默尔棉,其余224个QTL有利等位基因均来自中棉所35号。68个产量性状QTL中包括30个铃重QTL、10个衣指QTL、15个衣分QTL、13个籽指QTL,LOD值介于2.5-10.57,解释表型变异介于6.2%-23.5%;180个纤维品质QTL包含55个长度QTL、45个整齐度QTL、51个断裂比强度QTL、9个马克隆值QTL、20个伸长率QTL,LOD值介于2.5-15.31,解释6.1%-33.8%的表型变异。有57个QTL在三个及三个以上环境下均检测到,q LPA07.1在六个环境下都稳定存在,解释表型变异为6.4%-11.8%,中棉所35号使其表型效应值增加;q FMD03.1在四个环境下均检测到,解释10.5%-33.8%的表型变异,增效基因来自中棉所35号。有154个QTL密集分布在除A06、D02、D06外的23条染色体的42个QTL簇内。这些稳定QTL和QTL簇对候选基因克隆、功能分析等研究奠定了基础。
欧云灿[6]（2021）在《陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析》文中指出棉花是世界上重要的经济作物,也是纺织工业的重要原料之一,棉属包括45个二倍体种和7个异源四倍体种,其中有2个四倍体栽培棉种,分别是陆地棉和海岛棉。陆地棉产量占世界棉花总产量的95%以上,但陆地棉纤维品质比海岛棉差,缺乏纺高档棉纱的品种。棉花产量和纤维品质性状之间存在负相关,因此利用传统的育种方法很难满足纤维品质与产量性状同步改良。随着生物技术的迅速发展,基因组测序技术已广泛应用于棉花分子育种研究中,这为陆地棉产量和纤维品质性状的遗传改良和有利等位基因挖掘奠定了基础。本研究采用SSR分子标记技术和简化基因组测序技术（SLAF-seq）检测（渝棉1号×N274）F2:7重组自交系（RIL）群体180个家系基因型,构建遗传连锁图谱,结合该群体产量和纤维品质表型数据,进行产量和纤维品质性状有利等位基因的挖掘。主要研究结果如下:1.SSR基因型检测本研究以陆地棉优质品种渝棉1号为母本,N274为父本构建（渝棉1号×N274）F2:7重组自交系群体,利用实验室前期筛选的260对多态性SSR引物对RIL群体进行基因型检测,共获得了78个有效的SSR多态性位点。2.SLAF-seq基因型检测利用SLAF-seq技术对RIL群体进行简化基因组测序,共得到1246.78M的reads,亲本平均测序深度为59.29×,子代平均测序深度为27.36×,测序结果共开发获得354046个SLAF标签,其中表现出多态性的有8732个SLAF标签,多态性比例为2.47%。8732个多态性SLAF标签经过多重过滤剔除,共计获得2127个有效SNP位点。3.遗传图谱构建利用Joinmap4.0软件对78个SSR多态性位点和2127个SNP位点进行遗传连锁分析,构建了一张包含78个SSR标记和2127个SNP标记的高密度遗传连锁图谱,该图谱重组长度为3195.8 c M,标记间平均距离为1.4 5c M。其中,A亚基因组包含39个SSR标记和1216个SNP标记,覆盖长度为1683.65 c M,标记间平均距离为1.34 c M;D亚基因组包含39个SSR标记和911个SNP标记,覆盖长度为1512.15 c M,标记间平均距离为1.59 c M。4.产量及纤维品质性状QTL定位在遗传连锁图的基础上,结合2019年重庆、2019年海南、2020年新疆库尔勒和新疆奎屯4个环境的产量和纤维品质性状表型数据,利用软件Map QTL6.0进行QTL检测。在4个环境中共定位到70个产量和纤维品质性状相关QTL,包括12个产量性状相关QTL,58个纤维品质性状相关QTL。其中有46个QTL在染色体A亚组能被检测到,有24个QTL在染色体D亚组能被检测到。在两个环境中均能被检测到的有7个QTL（q SIA01、q FLA01.1、q FLD13.1、q FSA07.2、q FMA01、q FMD06和q FED07）,在三个环境中均能被检测的到有3个QTL（q SIA07、q FLA07.2、q FMA07）。此外,有6个QTL簇集中分布在A01、A05、A07、A13、D06和D13染色体上。研究结果为棉花产量和纤维品质QTL的精细定位、图位克隆和候选基因鉴定奠定了基础。
余静文[7]（2021）在《基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘》文中研究指明海岛棉（Gossypium barbadense L.）是世界上广泛种植的栽培棉之一,因其在纤维品质和抗病性等性状上的突出表现而受到人们的广泛关注。近年来,随着测序技术快速发展,测序成本的降低,基因组学的相关研究进入了高通量、高精度的新时期。基于新型测序技术的海岛棉高质量基因组组装已经完成,而利用高通量的重测序可实现对海岛棉群体的精细分析和基因定位,并为海岛棉基因组资源的高效利用创造条件。新疆自治区是我国目前唯一的海岛棉生产基地,利用分子标记探索新疆棉区自育海岛棉群体遗传变异特点,鉴定具有遗传改良价值的关键基因对加速新疆海岛棉育种进程有着重要意义。本研究对240份海岛棉材料进行了高通量重测序,构建海岛棉的高精度基因组变异图谱,并利用鉴定的遗传变异多态性解析该海岛棉群体的结构和连锁不平衡特点。对12个重要的性状进行表型鉴定和全基因组关联分析,为海岛棉分子生物学研究和遗传改良提供重要遗传信息,主要研究内容和结果如下:1.对220份新疆自育海岛棉资源和20份其它棉区的海岛棉种质资源进行重测序。共获得6.34 Tb的测序数据。通过与基因组的序列比对和群体变异检测,共鉴定到3632231个高质量的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）和221354个片段的插入缺失（Insertion-deletion,In Del）。2.利用系统发育分析、主成分分析（Principal components analysis,PCA）和STURUCTURE分析等方法对该群体进行群体结构预测,发现240个海岛棉材料大致分为5个亚群,其中新疆海岛棉群体大致由4个亚群组成。新疆之外,包括美国、埃及、东亚国家、我国云南和海南等地的海岛棉种质资源单独聚类,并与新疆自育海岛棉存在一定的遗传距离。说明新疆海岛棉逐渐形成了独具特色的海岛棉资源类型。3.海岛棉不同亚群间性状表型变异丰富,特别是纤维品质性状。群体遗传学发现,不同亚群间的遗传多样性差异不明显,国外海岛棉种质资源的遗传多样性整体水平高于新疆海岛棉。连锁不平衡（Linkage disequilibrium,LD）分析发现,新疆海岛棉种质资源的LD水平高于陆地棉和亚洲棉,且At亚组的LD衰减距离大于Dt亚组。4.分别在两个试验点对12个重要的棉花性状进行连续两年的表型鉴定,利用统计分析计算性状间的相关性以及广义遗传力（Broad-sense heritability,BSH）,并对表型的多样性进行分析。极显着正相关的性状有单铃重与皮棉和籽棉产量、衣分与皮棉产量、株高与皮棉和籽棉产量、株高与第一果枝节位和单株铃数,以及单株铃数与皮棉和籽棉产量。极显着负相关的性状有第一果枝节位和皮棉产量、衣分、单株铃数。总体看来,纤维品质性状之间的相关性强于产量性状。BSH的变化范围为0.17（单株铃数）至0.57（衣分）,其中纤维品质性状的遗传力水平整体来看高于产量性状,可见纤维产量更易受到环境因素的影响。5.用表型数据的最优线性无偏估计（Best linear unbiased prediction,BLUP）值与基因型数据进行全基因组关联分析（Genome-wide association studies,GWAS）,基于较严格的阈值（p<0.05/n）共鉴定了168个显着相关核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）。基于建议相关的阈值（p<1/n）共鉴定了2645个SNP。所鉴定的SNP在基因组上分布不均匀,其中D11号染色体的SNP最多,其次为A07染色体。Dt亚组的SNP数量多于At亚组。对于研究的性状而言,鉴定到的纤维强度关联信号最多,其次是衣分,而籽棉产量和第一果枝节位没有鉴定到显着的关联信号,这可能与性状本身的复杂性和对环境因素的敏感性等因素有关。6.基于上述关联分析结果,利用连锁不平衡系数、基因功能注释和RNAseq等方法筛选候选基因,并用不同纤维强度或衣分表型的海岛棉材料进行q PCR表达分析。鉴定出3个与纤维强度相关的候选基因,包括编码酪蛋白激酶I的基因GB＿D11G34371、编码微管相关蛋白的基因GB＿D11G3460和GB＿D11G3471;1个与衣分相关的重要候选基因GB＿A07G1034,该基因编码一种受BRs调节的受体激酶。综上所述,本研究利用重测序完成了海岛棉群体的基因分型,解析了海岛棉的群体结构、连锁不平衡和遗传多样性等特征。并对新疆海岛棉12个重要的性状进行了GWAS分析,其中纤维强度和衣分性状鉴定到了较多的稳定关联SNP。着重分析以上两个性状的关联结果,最终筛选到了2个与纤维强度相关和1个与衣分相关的候选基因。为海岛棉遗传改良提供重要理论基础和目的基因。
王宁[8]（2021）在《基于产量、品质性状的陆地棉优异种质筛选》文中提出棉花是我国重要的经济作物,也是主要的纺织工业原材料。棉纤维约占全球使用纤维的35%,提高棉花产量与纤维品质是主要的棉花育种目标。随着经济的发展和国内棉纺织工业技术的不断进步,进一步基于产量和品质性状鉴定与评价陆地棉种质资源是当前棉花育种的重要基础。本研究以来自中国、哥斯达黎加、巴基斯坦、保加利亚、澳大利亚、土库曼斯坦、乌干达、乌兹别克斯坦、法国、吉尔吉斯斯坦、墨西哥、马里和肯尼亚13个国家的978份棉花种质资源为实验材料,对铃重、子指、衣分、纤维长度、整齐度、马克隆值、断裂比强度、短纤维率等8个性状进行了鉴定与评价,最终筛选出产量相关性状和品质性状优异的种质资源材料22份,可作为今后棉花育种工作的亲本资源。主要结果如下:1、由产量性状和品质性状的变异系数得出,变异系数最大的是子指（15.00%）,其次是铃重（13.93%）,衣分的变异系数最小（11.70%）。表明在产量相关性状中改良潜力最大的是子指;在品质性状中,变异系数最大的是短纤维率（13.31%）,其次是断裂比强度（10.20%）,第三是马克隆值（8.79%）,再次是纤维长度（6.53%）,最后是整齐度（1.72%）,说明短纤维率改良潜力最大。2、相关分析表明:铃重与子指、纤维长度、整齐度和断裂比强度呈极显着正相关;衣分与马克隆值之间呈极显着的正相关;子指与纤维长度、整齐度、断裂比强度呈极显着正相关;纤维长度与整齐度和断裂比强度呈极显着正相关;整齐度与断裂比强度之间都呈极显着的正相关性;断裂比强度与铃重、子指、纤维长度、整齐度都呈极显着的正相关性;短纤维率与马克隆值之间呈极显着正相关。主成分分析表明:前5个主成分的累积贡献率达到90.24%。3、利用离差平方和聚类法构建聚类树状图,根据8个产量性状和品质性状将978份种质资源划分为6个类群,其中前三个类群包含了大部分种质。第Ⅰ类群是最大的类群,共有793份种质,典型特征是衣分均值最高。第Ⅱ类群共有51份种质,各个性状的平均值都较低,属于产量相关性状和品质性状较差的类群,但是铃重、衣分的变异系数较大;第Ⅲ类群有131份种质,表现特征为长纤维、大铃、断裂比强度较高,马克隆值较好,是各性状表现最好的类群。4、共鉴定出铃重大于6.2g的种质113份;衣分在40%以上的有109份;纤维长度在30 mm以上的有480份;断裂比强度在30 cN/tex以上的有466份;马克隆值达到A级标准的有25份。综合性状较好的22份种质分别为:中R014121、中棉所14号、MSCO-12、鲁无16、中0548、哥利格35-W、布哈拉6号、河大65-125、波棉3号（“1”式）、无酚1号、石无107、无极一枝花、冀91-28、孝2168、河无309、黑山棉1号、宁棉18号（华东6555）、70-24、八农212、中无268、苏棉11号、辽无354。基于以上结果,得出本试验结论:基于表型性状为棉花新品种选育提供优异亲本;产量相关性状与品质性状之间存在相关性;本研究共筛选出综合性状较好的优异种质22份,对棉花新品种选育具有重要意义。
张素君,李兴河,唐丽媛,王海涛,刘存敬,蔡肖,张香云,张建宏[9]（2021）在《陆地棉纤维品质性状关联分析及优异等位基因挖掘》文中认为本研究检测了214个陆地棉材料在多环境下的纤维品质指标（上半部平均长度、断裂比强度、马克隆值、伸长率和整齐度）,选用在棉花基因组上均匀分布多态性较好的259个SSR标记对供试群体进行基因型检测,利用Tassel软件中的GLM（Q）方法挖掘与纤维品质指标相关的QTLs,依据表型效应值鉴别优异等位变异位点及典型材料。结果显示:同一纤维品质性状在3个地点2～3年内变化趋势相对稳定,纤维上半部平均长度、断裂比强度和整齐度三者之间呈正相关（P<0.01）,纤维上半部平均长度/断裂比强度均和马克隆值/伸长率负相关。259个SSR标记共检测到309个等位基因,涉及774个基因型,多态性信息含量（PIC,polymorphic information content）平均为0.2688,基因多样性指数平均为0.2239。按照基因型数据可将该群体划分为2个亚群。通过关联分析获得与纤维品质相关的等位变异位点134个（P<0.01）,在3个及以上环境中均可检测到的位点有30个,有3个位点（NAU6177、DPL0886、NAU3607）在7个环境中分别与断裂比强度、马克隆值、伸长率显着关联（P<0.01）,最高表型变异解释率分别为11.14%、5.74%和13.99%。31个位点同时与2个及以上纤维品质指标相关,其中,NAU 6177与5个纤维品质指标均显着关联（P<0.01）。与已发表结果比对,17个QTL已被报道与纤维品质性状相关,10个QTL与前人关联指标相同。分析多环境纤维品质关联位点的表型效应,获得72个等位变异位点,5份携带优异等位基因载体材料。本研究在多环境下挖掘与陆地棉纤维品质指标关联的分子标记,同时鉴别携带优异等位变异基因的典型载体材料,为棉花纤维品质分子标记辅助选择及目标基因定位提供有益信息。
祝德[10]（2020）在《利用海陆种间染色体置换系解析棉花农艺性状的遗传效应》文中研究指明陆地棉较窄的遗传基础限制了其遗传改良的潜力,挖掘海岛棉优异外源基因,对于改良现有陆地棉栽培品种的农艺性状具有重要意义。为了揭示海岛棉基因组在陆地棉遗传背景中的遗传效应,本研究以供体亲本海岛棉3-79与受体亲本陆地棉栽培种鄂棉22号（Emian22）组合,通过杂交与回交方法构建的棉花海陆种间染色体置换系群体为基础,结合以PCR扩增为基础的分子标记技术和高通量测序技术对染色体置换片段进行鉴定评估,着重分析了棉花海陆种间置换系群体产量、纤维品质、棉籽含油量等农艺性状的遗传效应,并对群体中叶片大小突变材料进行了QTL定位,最后解析了海陆种间材料在棉籽油份形成过程中的基因表达情况。主要结果如下:1. 棉花海陆种间染色体置换系遗传效应分析本研究对棉花海陆种间染色体置换系的遗传效应进行了分析。首先分别利用传统SSR等分子标记和全基因组重测序获得SNP标记,对棉花海陆种间染色体置换系群体进行染色体导入片段鉴定。利用515个分子标记在325份材料中共检测到480个染色体置换片段,染色体置换片段总长为2695.19 c M,覆盖整个棉花基因组的78.42%,其中A亚基因组为73.73%,D亚基因组为83.33%。利用全基因组重测序技术仅在313份材料中检测到导入片段,共有1,211个来自海岛棉的染色体置换片段,其长度在97 kb～104.23 Mb之间,平均长度为4.43 Mb,覆盖整个棉花基因组86.11%。本研究还对置换系群体中叶型、花药开裂和光籽等异常突变表型性状的遗传位点进行了分析。同时对置换系群体14个农艺性状表型进行考察,发现性状基本都表现出连续性分布,且性状间存在显着的相关性。结合田间试验表型数据和全基因组重测序的基因型数据对14个性状进行QTL检测,共检测到分布在20条染色体上的64个QTL位点,其中38个位于A亚基因组,26个位于D亚基因组,表型解释率在0.73%～14.67%之间。通过对置换系群体纤维性状的加性效应来源进行评估,发现海陆亲本的遗传背景对于纤维品质的提升均具有贡献。对纤维性状的加性效应主要来源于陆地棉亲本（35.73%）,海岛棉仅贡献22.83%,在陆地棉背景中,A11染色体显示了对纤维性状较高的加性效应,在D07染色体几乎全部加性效应由陆地棉遗传背景提供。对纤维品质性状加性效应的评估,为后续充分利用海陆种间遗传背景优势资源提供了指导。2. 叶片大小性状QTL精细定位置换系群体中家系N35的叶片大小表现出超亲现象,显着大于陆地棉亲本Emian22,其在A11号染色体上携带了来自海岛棉的染色体导入片段。利用遗传连锁作图对控制叶面积的QTL进行分析,不同作图软件均在含有272个单株的初定位F2群体中均检测到位于16 Mb～17 Mb之间的主效应QTL位点。在含有2,292个单株的精细定位F2群体中,利用Win QTLcart 2.5软件与Icimapping 4.0软件均在16 Mb～17 Mb检测到控制叶片大小的QTL,结合在相同区间存在置换片段的两个家系N12和N125,最终将控制叶片面积的QTL位点界定在10.75Mb～13.75 Mb和16.57 Mb～16.66 Mb两个候选区间内。利用参考基因组注释信息与基因组织表达模式信息,在两个QTL区间内鉴定到25个候选基因,其中大多数均与植物生长激素相关。3. 棉花海陆种间棉籽油份相关基因的表达差异分析置换系亲本海岛棉3-79和陆地棉Emian22的棉籽含油量存在显着差异。通过对亲本材料棉籽不同发育时期（10 DPA、20 DPA、30 DPA）进行转录组测序,发现在棉籽发育20 DPA时期海陆棉种基因表达出现显着差异,在进入30 DPA时期后,Emian22基因下调表达数目显着大于3-79。对棉籽发育过程中脂质代谢相关基因分析发现,海陆种间棉籽含油量差异形成的原因是由包括PDHC酶类、SAD酶类、FATA酶类等基因的表达丰度差异以及持续表达的时间差异引起。此外,转录因子WRI1类、NF-YB6类和b ZIP（DPBF）类在棉籽油份合成过程中扮演重要角色。利用已鉴定QTL位点候选区间和高油家系材料,鉴定到19个潜在控制棉籽含油量的候选基因,为后续进一步解析棉籽油份遗传机理提供了基础。本研究首次将全基因组重测序技术引入棉花种间染色体置换系的遗传研究中,该研究结果为将来染色体置换系的构建提供了指导作用,置换系群体农艺性状QTL位点的挖掘以及纤维品质性状加性效应来源的分析,为将来棉花海陆种间遗传育种提供了新的见解与种质资源。
二、Comparison between Marker-assisted Selection and Phenotypical Selection for Fiber Strength and Resistance to Helicoverpa armigera in Upland Cotton（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Comparison between Marker-assisted Selection and Phenotypical Selection for Fiber Strength and Resistance to Helicoverpa armigera in Upland Cotton（论文提纲范文）
（2）老化对棉花纤维品质的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 棉花产业发展现状 |
| 1.2 棉纤维品质评价 |
| 1.2.1 棉纤维质量评价方法及发展 |
| 1.2.2 棉纤维评价的指标 |
| 1.3 棉花纤维结构和老化 |
| 1.3.1 棉纤维的组成及结构 |
| 1.3.2 棉纤维老化及黄化的产生 |
| 1.4 棉纤维颜色的研究 |
| 1.4.1 棉纤维的颜色 |
| 1.4.2 棉纤维颜色的形成 |
| 1.4.3 原花色素合成及其关键酶基因 |
| 1.5 试验设计 |
| 1.5.1 研究目的和意义 |
| 1.5.2 主要研究内容 |
| 1.5.3 技术路线 |
| 第二章 人工加速老化对棉花纤维的品质影响 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 仪器设备与化学试剂 |
| 2.1.3 棉花纤维高温老化处理 |
| 2.1.4 棉花纤维强光老化处理 |
| 2.1.5 棉花纤维化学试剂老化处理 |
| 2.1.6 棉纤维样品检测 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 储存时间对棉纤维品质的影响 |
| 2.2.2 高温老化处理对棉纤维黄度及品质的影响 |
| 2.2.3 强光处理对棉纤维黄度及品质的影响 |
| 2.2.4 化学试剂对棉纤维黄度及品质的影响 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 不同发育时期棉纤维原花色素含量测定及GhLAR、GhANR基因表达分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 原花色素的提取 |
| 3.1.4 RNA提取与反转录 |
| 3.1.5 qRT-PCR引物设计 |
| 3.1.6 实时荧光定量PCR |
| 3.1.7 统计学分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 棉纤维不同发育时期原花色素含量的变化 |
| 3.2.2 不同发育时期棉纤维GhLAR和 GhANR基因表达分析 |
| 3.2.3 陆地棉不同品种在同一发育时期棉纤维GhLAR,GhANR基因表达分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 GhLAR和GhANR基因敲除与RNAi干扰载体的构建及遗传转化 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 菌株、试剂及载体 |
| 4.1.3 棉花叶片RNA 的提取及cDNA 的合成 |
| 4.1.4 引物设计 |
| 4.1.5 干扰载体目的片段扩增和敲除载体靶标合成 |
| 4.1.6 干扰片段克隆和敲除载体靶序列连接 |
| 4.1.7 连接产物热击转化 |
| 4.1.8 终载体连接 |
| 4.1.9 农杆菌电击转化 |
| 4.1.10 棉花遗传转化 |
| 4.1.11 转基因植株的检测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 植物表达载体构建 |
| 4.2.2 棉花遗传转化 |
| 4.2.3 转基因再生植株的检测 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附件 |
（3）陆地棉与野生种系尖斑棉杂交群体产量及纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类 |
| 1.1.1 近代棉属的分类 |
| 1.1.2 现代棉属的分类 |
| 1.1.3 棉属的分类进展 |
| 1.1.4 棉属栽培种 |
| 1.2 棉花种质资源 |
| 1.2.1 野生棉种的特征性状及研究进展 |
| 1.2.2 陆地棉野生棉种系的特征性状及研究进展 |
| 1.3 遗传图谱构建 |
| 1.4 简化基因组测序技术 |
| 1.4.1 简化基因组测序技术种类及比较 |
| 1.4.2 SLAF-seq技术的原理 |
| 1.4.3 SLAF-seq测序技术的研究进展 |
| 1.5 棉花QTL定位 |
| 1.5.1 QTL定位原理 |
| 1.5.2 棉花纤维品质性状QTL定位研究进展 |
| 1.5.3 棉花产量性状QTL定位研究进展 |
| 1.5.4 陆地棉野生种系尖斑棉QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究内容与技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 试验仪器与试剂 |
| 3.3 棉花DNA提取 |
| 3.3.1 DNA提取步骤 |
| 3.3.2 DNA提取试剂配制 |
| 3.4 SSR标记 |
| 3.4.1 扩增引物来源 |
| 3.4.2 PCR扩增反应体系及程序 |
| 3.4.3 扩增产物检测 |
| 3.5 SLAF-seq测序 |
| 3.5.1 SLAF-seq测序流程 |
| 3.5.2 SNP数据分析 |
| 3.6 数据分析 |
| 3.6.1 表型性状统计分析 |
| 3.6.2 群体基因型SSR标记检测 |
| 3.6.3 遗传图谱构建 |
| 3.6.4 产量和纤维品质QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 重组自交系群体产量及纤维品质性状表现 |
| 4.2 产量和纤维品质性状的方差分析 |
| 4.3 产量和纤维品质性状的相关性分析 |
| 4.4 陆地棉高密度遗传图谱构建 |
| 4.4.1 SSR多态性引物检测群体基因型和SLAF-seq测序检测群体基因型 |
| 4.4.2 遗传图谱构建 |
| 4.5 产量和纤维品质相关的QTL检测 |
| 4.5.1 产量性状相关QTL |
| 4.5.2 纤维品质性状相关QTL |
| 4.6 QTL簇分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 重组自交系群体特性及亲本材料选择 |
| 5.2 SLAF-seq测序构建遗传图谱的优势 |
| 5.3 有利等位基因来源 |
| 5.4 QTL簇 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 高密度遗传图谱 |
| 6.2 产量及纤维品质性状QTL定位 |
| 6.3 QTL簇 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（4）陆地棉野生系阔叶棉产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类、进化、种质资源 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的进化 |
| 1.1.3 棉属种质资源 |
| 1.1.4 阔叶棉性状特征 |
| 1.2 遗传图谱构建和QTL定位 |
| 1.2.1 DNA分子标记 |
| 1.2.2 遗传图谱构建 |
| 1.2.3 简化基因组测序 |
| 1.2.4 SLAF-seq技术在遗传图谱中的应用 |
| 1.3 棉花QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位的原理及方法 |
| 1.3.2 半野生棉QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的与意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 试验材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验器材 |
| 3.3 试验过程 |
| 3.3.1 全基因组DNA提取 |
| 3.3.2 PCR扩增体系及反应体系 |
| 3.3.3 PCR扩增产物检测 |
| 3.4 SSR标记和SLAF-seq技术 |
| 3.4.1 多态性引物筛选与群体基因型检测 |
| 3.4.2 SLAF-seq技术 |
| 3.5 遗传图谱构建及QTL定位 |
| 3.5.1 遗传图谱构建 |
| 3.5.2 棉花纤维产量和纤维品质QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 产量和纤维品质性状分析 |
| 4.2 遗传图谱构建 |
| 4.2.1 SSR引物筛选及SLAF-seq测序 |
| 4.2.2 遗传图谱构建 |
| 4.3 产量性状QTL定位 |
| 4.3.1 子指QTL |
| 4.3.2 铃重QTL |
| 4.3.3 衣分QTL |
| 4.3.4 衣指QTL |
| 4.3.5 种子相关性状QTL |
| 4.4 纤维品质相关性状QTL定位 |
| 4.4.1 纤维上半部长度QTL |
| 4.4.2 纤维整齐度QTL |
| 4.4.3 纤维比强度QTL |
| 4.4.4 马克隆QTL |
| 4.4.5 纤维伸长率QTL |
| 4.5 产量及纤维品质性状QTL簇 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 遗传图谱作图亲本的选择及群体的类别 |
| 5.2 SLAF-seq技术的应用 |
| 5.3 稳定QTL及有利等位基因来源 |
| 5.4 产量和纤维品质性状QTL簇 |
| 第6章 结论 |
| 6.1 多态性SSR标记和SNP标记 |
| 6.2 遗传图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状QTL |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 发表论文情况 |
（5）陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的分类与发展 |
| 1.1.1 棉属的分类 |
| 1.1.2 棉属的栽培种 |
| 1.2 棉花种质资源 |
| 1.2.1 陆地棉野生种系特征性状 |
| 1.2.2 陆地棉野生种系研究进展 |
| 1.3 棉花遗传图谱的构建 |
| 1.3.1 DNA分子标记 |
| 1.3.2 遗传作图群体 |
| 1.3.3 棉花种间遗传图谱研究 |
| 1.3.4 陆地棉种内遗传图谱研究 |
| 1.4 SNP标记的开发 |
| 1.4.1 SNP标记 |
| 1.4.2 全基因组高通量重测序技术开发SNP标记 |
| 1.4.3 利用基因芯片技术开发SNP标记 |
| 1.4.4 利用简化基因组测序来开发SNP标记 |
| 1.4.5 SLAF测序技术的应用 |
| 1.5 棉花QTL定位研究 |
| 1.5.1 QTL定位原理和方法 |
| 1.5.2 棉花农艺性状QTL研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 目的与意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 材料和方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验仪器设备 |
| 3.3 棉花基因组DNA提取 |
| 3.3.1 棉花基因组DNA提取试剂 |
| 3.3.2 CTAB法提取棉花基因组DNA |
| 3.4 SSR标记检测 |
| 3.4.1 PCR反应体系建立及反应程序 |
| 3.4.2 SSR引物来源 |
| 3.4.3 SSR扩增产物检测主要试剂 |
| 3.4.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.5 SLAF-seq及群体基因型分型 |
| 3.5.1 酶切方案的设计 |
| 3.5.2 文库的建立和测序 |
| 3.6 数据分析 |
| 3.6.1 遗传图谱的构建 |
| 3.6.2 表型数据 |
| 3.6.3 QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 重组自交系群体F_(2:6)高密度遗传图谱的构建 |
| 4.1.1 SSR标记检测群体各单株基因型 |
| 4.1.2 SLAF-seq检测群体各单株基因型 |
| 4.1.3 遗传图谱的构建 |
| 4.2 群体产量性状和纤维品质表型统计分析 |
| 4.2.1 群体产量和纤维品质性状表现 |
| 4.2.2 群体产量性状和纤维品质方差分析 |
| 4.2.3 群体产量性状和纤维品质间相关性分析 |
| 4.3 群体产量性状和纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.2 纤维品质QTL初步定位 |
| 4.3.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第5章 讨论 |
| 5.1 作图亲本的选择 |
| 5.2 作图标记选择及高密度遗传图谱构建 |
| 5.3 有利等位基因来源 |
| 5.4 QTL簇统计分析 |
| 5.5 环境稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 高密度遗传图谱的构建 |
| 6.2 产量和纤维品质QTL的初步定位 |
| 6.3 环境稳定QTL和QTL簇 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（6）陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 棉属的进化与分类 |
| 1.2 棉纤维的发育 |
| 1.2.1 起始阶段 |
| 1.2.2 伸长阶段 |
| 1.2.3 次生细胞壁合成阶段 |
| 1.2.4 脱水成熟阶段 |
| 1.3 棉花纤维品质和产量的影响因素 |
| 1.3.1 棉花纤维品质研究指标 |
| 1.3.2 棉花纤维品质的影响因素 |
| 1.3.3 棉花产量构成因素 |
| 1.3.4 棉花产量的影响因素 |
| 1.4 产量和纤维品质性状的同步改良 |
| 1.5 分子标记类型与特点 |
| 1.5.1 简单重复序列多态性标记SSR及其应用 |
| 1.5.2 单核苷酸多态性标记SNP及其应用 |
| 1.6 作图群体 |
| 1.7 棉花遗传连锁图谱 |
| 1.7.1 种间遗传图谱 |
| 1.7.2 种内遗传图谱 |
| 1.8 产量和纤维品质性状QTL定位研究进展 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 研究内容与技术路线 |
| 第3章 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 实验仪器设备 |
| 3.3 DNA的提取 |
| 3.3.1 提取试剂 |
| 3.3.2 叶片的采取 |
| 3.4 SSR分子标记技术 |
| 3.4.1 PCR扩增体系和反应程序 |
| 3.4.2 PCR扩增产物的检测 |
| 3.4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤 |
| 3.4.4 基因型分型的统计 |
| 3.5 SLAF-seq技术 |
| 3.6 表型分析及QTL检测 |
| 3.6.1 产量和纤维品质性状检测 |
| 3.6.2 表型性状分析 |
| 3.6.3 产量及纤维品质性状QTL定位 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 遗传图谱构建 |
| 4.1.1 SSR标记基因型分型 |
| 4.1.2 SNP标记基因型分型 |
| 4.1.3 陆地棉遗传图谱构建 |
| 4.2 RIL群体产量和纤维品质性状统计分析 |
| 4.2.1 群体产量性状表现 |
| 4.2.2 群体纤维品质性状表现 |
| 4.2.3 群体纤维品质和产量性状的相关性分析 |
| 4.2.4 群体纤维品质和产量性状的方差分析 |
| 4.3 产量和纤维品质性状QTL初步定位 |
| 4.3.1 产量性状QTL初步定位 |
| 4.3.1.1 籽指QTL分析 |
| 4.3.1.2 铃重QTL分析 |
| 4.3.1.3 衣分QTL分析 |
| 4.3.2 纤维品质性状QTL初步定位 |
| 4.3.2.1 纤维长度QTL分析 |
| 4.3.2.2 纤维整齐度QTL分析 |
| 4.3.2.3 纤维比强度QTL分析 |
| 4.3.2.4 纤维马克隆QTL分析 |
| 4.3.2.5 纤维伸长率QTL分析 |
| 4.4 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 第五章 讨论 |
| 5.1 作图亲本与群体 |
| 5.2 遗传连锁图谱 |
| 5.3 产量和纤维品质性状QTL簇分析 |
| 5.4 有利等位基因的来源 |
| 5.5 稳定QTL和共同QTL |
| 第6章 结论 |
| 6.1 重组自交系群体构建 |
| 6.2 遗传连锁图谱构建 |
| 6.3 产量和纤维品质性状QTL初步定位 |
| 6.4 稳定QTL和共同QTL |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表的论文 |
（7）基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 棉花种质资源概况 |
| 1.1.1 海岛棉起源与分类 |
| 1.1.2 海岛棉遗传多样性研究进展 |
| 1.1.3 新疆海岛棉育种进程 |
| 1.2 海岛棉种质资源的利用 |
| 1.2.1 种间杂种优势利用 |
| 1.2.2 海岛棉与陆地棉种间渐渗作用 |
| 1.3 全基因组关联分析 |
| 1.3.1 全基因组关联分析原理与流程 |
| 1.3.2 棉花基因组测序研究进展 |
| 1.3.3 海岛棉群体遗传图谱的构建 |
| 1.3.4 海岛棉全基因组关联分析研究进展 |
| 1.3.5 全基因组关联分析的扩展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 研究报告 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 田间试验 |
| 2.2.2 表型鉴定与分析 |
| 2.2.3 文库构建和测序 |
| 2.2.4 序列质量检测和过滤 |
| 2.2.5 基因分型 |
| 2.2.6 群体结构分析 |
| 2.2.7 LD和群体遗传多样性分析 |
| 2.2.8 群体受选择分析 |
| 2.2.9 全基因组关联分析 |
| 2.2.10 候选基因的鉴定 |
| 2.2.11 表达分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 SNP和 In Del的鉴定 |
| 2.3.2 群体结构特点 |
| 2.3.3 连锁不平衡和遗传多样性分析 |
| 2.3.4 选择区域鉴定 |
| 2.3.5 关联群体的表型变异 |
| 2.3.6 全基因组关联分析 |
| 2.3.7 纤维强度相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.3.8 衣分相关候选基因的鉴定和表达 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基于重测序的海岛棉基因分型 |
| 2.4.2 独特的新疆自育海岛棉种质资源 |
| 2.4.3 不同性状关联位点的鉴定 |
| 2.4.4 棉花纤维性状相关候选基因 |
| 2.4.5 展望 |
| 2.5 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
（8）基于产量、品质性状的陆地棉优异种质筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 陆地棉产量性状研究进展 |
| 1.2 陆地棉品质性状研究进展 |
| 1.3 产量性状与品质性状的相关性研究 |
| 1.4 陆地棉种质资源的研究 |
| 1.4.1 陆地棉种质资源的概述 |
| 1.4.2 种质资源的收集和保存 |
| 1.4.3 种质资源的鉴定与评价 |
| 1.4.4 种质资源的创新与利用 |
| 1.5 陆地棉的遗传多样性研究 |
| 1.5.1 遗传多样性的概念和意义 |
| 1.5.2 遗传多样性的研究方法 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 田间试验设计 |
| 2.3 统计分析方法 |
| 2.3.1 描述性统计 |
| 2.3.2 基于欧式距离的聚类分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 试验材料主要产量、品质性状表现和分析 |
| 3.1.1 主要产量相关性状分析 |
| 3.1.2 主要品质性状分析 |
| 3.2 试验材料主要产量、品质性状的遗传多样性分析 |
| 3.2.1 试验材料主要产量、品质性状的遗传多样性指数 |
| 3.2.2 试验材料主要产量、品质性状的相关性分析 |
| 3.2.3 试验材料主要产量、品质性状的主成分分析 |
| 3.2.4 试验材料主要产量、品质性状的聚类分析 |
| 3.3 试验材料主要产量、品质性状的优异种质筛选 |
| 3.3.1 根据主要产量相关性状进行筛选的结果 |
| 3.3.2 基于主要品质性状的优异种质筛选 |
| 3.3.3 基于主要产量、品质性状的优异种质筛选 |
| 3.3.4 综合鉴定、筛选优异种质结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基于表型性状为棉花新品种选育提供优异亲本 |
| 4.2 产量相关性状与品质性状之间存在相关性 |
| 4.3 本研究对棉花新品种选育具有重要意义 |
| 4.4 对于未来陆地棉种质资源研究的展望 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B |
| 作者简历 |
| 致谢 |
（9）陆地棉纤维品质性状关联分析及优异等位基因挖掘（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.3 SSR引物来源及其在连锁图谱上的分布 |
| 1.4 数据统计与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 纤维品质检测数据基本统计分析 |
| 2.2 SSR分子标记多态性信息 |
| 2.3 群体结构分析 |
| 2.4 纤维品质与SSR标记的关联分析 |
| 2.5 关联位点与前人已报道结果的比较 |
| 2.6 纤维品质性状相关联的SSR标记优异等位变异发掘 |
| 3 讨论 |
| 3.1 标记密度、群体结构与关联分析 |
| 3.2 关联位点物理信息预测 |
| 3.3 纤维品质优异等位变异应用潜力 |
（10）利用海陆种间染色体置换系解析棉花农艺性状的遗传效应（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 染色体置换系概述 |
| 1.2.1 染色体置换系简介 |
| 1.2.2 染色体置换系在作物遗传育种中的应用 |
| 1.2.2.1 复杂性状的遗传解析与QTL定位 |
| 1.2.2.2 利用置换系进行杂种优势的评估 |
| 1.2.2.3 利用置换系进行遗传改良与基因聚合育种 |
| 1.3 高通量测序技术对作物育种的影响 |
| 1.4 作物数量性状基因(QTL)定位 |
| 1.4.1 QTL定位原理 |
| 1.4.2 遗传连锁分析 |
| 1.4.3 关联分析 |
| 1.4.4 混合分组分析 |
| 1.5 植物油份合成代谢研究概述 |
| 1.6 研究目的和意义 |
| 第二章 棉花海陆种间染色体置换系遗传效应分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 所用试剂 |
| 2.2.3 田间种植与管理 |
| 2.2.4 基于SSR分子标记鉴定 |
| 2.2.5 基于全基因组重测序的变异分析 |
| 2.2.6 表型性状考察及数据统计 |
| 2.2.7 QTL定位 |
| 2.2.8 纤维品质加性效应来源评估 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基于PCR的分子标记鉴定 |
| 2.3.2 基于全基因组重测序鉴定 |
| 2.3.3 SSR分子标记与重测序染色体置换片段检测结果比较 |
| 2.3.4 田间表型性状结果 |
| 2.3.5 表型性状相关性分析 |
| 2.3.6 置换系群体特异突变性状的遗传解析 |
| 2.3.7 置换系农艺性状及棉籽含油量QTL分析 |
| 2.3.8 纤维品质性状加性效应来源评估 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 作物染色体置换系构建策略 |
| 2.4.2 海陆种间农艺性状遗传效应分析 |
| 第三章 叶片大小突变体QTL的精细定位 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 技术路线 |
| 3.2.3 田间种植与管理 |
| 3.2.4 叶片性状考察与分析 |
| 3.2.5 多态性分子标记的开发 |
| 3.2.6 QTL定位 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 大叶表型性状考察 |
| 3.3.2 叶片表皮细胞观察 |
| 3.3.3 大叶性状QTL初定位 |
| 3.3.4 叶面积性状QTL的精细定位 |
| 3.3.5 候选基因预测 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 棉花海陆种间棉籽油份相关基因的表达差异分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 棉籽发育转录组数据分析 |
| 4.2.2.1 样品准备 |
| 4.2.2.2 海陆棉种棉籽油份合成差异基因分析 |
| 4.2.2.3 GO和 KEGG富集分析 |
| 4.2.2.4 棉籽油份合成基因表达谱绘制 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 棉籽发育过程中基因表达 |
| 4.3.2 棉籽发育过程中基因表达差异分析 |
| 4.3.3 棉籽发育过程中差异表达基因GO和 KEGG富集分析 |
| 4.3.4 脂质代谢相关差异表达基因的KEGG富集分析 |
| 4.3.5 油份代谢相关转录因子 |
| 4.3.6 海陆棉种棉籽油份基因表达图谱 |
| 4.3.7 油份相关基因变异解析 |
| 4.3.8 候选基因预测 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 海陆种间棉籽油份合成基因表达网络比较 |
| 4.4.2 海岛棉棉籽油份积累基因调控 |
| 参考文献 |
| 附录1 棉花DNA提取 |
| 附表1 CSSLs染色体置换片段统计 |
| 附表2 置换片段Block划分信息 |
| 附表3 叶面积QTL分析中使用引物 |
| 附表4 叶面积QTL区间内候选基因组织表达模式 |
| 附表5 油份转录组测序数据统计 |
| 附图1 棉籽发育过程中差异基因的GO分析 |
| 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
四、Comparison between Marker-assisted Selection and Phenotypical Selection for Fiber Strength and Resistance to Helicoverpa armigera in Upland Cotton（论文参考文献）
- [1]基于BSA-seq技术的陆地棉（G.hirsutumL.）产量和品质性状的QTL定位[D]. 张小微. 新疆农业大学, 2021
- [2]老化对棉花纤维品质的影响[D]. 马诗洋. 石河子大学, 2021
- [3]陆地棉与野生种系尖斑棉杂交群体产量及纤维品质QTL定位[D]. 马君睿. 西南大学, 2021(01)
- [4]陆地棉野生系阔叶棉产量和纤维品质QTL有利等位基因鉴定[D]. 张潇. 西南大学, 2021(01)
- [5]陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位[D]. 杨乐. 西南大学, 2021(01)
- [6]陆地棉产量和纤维品质性状QTL分析[D]. 欧云灿. 西南大学, 2021(01)
- [7]基于全基因组重测序解析新疆海岛棉遗传变异及纤维性状相关基因的挖掘[D]. 余静文. 浙江大学, 2021(01)
- [8]基于产量、品质性状的陆地棉优异种质筛选[D]. 王宁. 河北农业大学, 2021(06)
- [9]陆地棉纤维品质性状关联分析及优异等位基因挖掘[J]. 张素君,李兴河,唐丽媛,王海涛,刘存敬,蔡肖,张香云,张建宏. 植物遗传资源学报, 2021(01)
- [10]利用海陆种间染色体置换系解析棉花农艺性状的遗传效应[D]. 祝德. 华中农业大学, 2020(01)