一、日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12SrRNA（论文文献综述）
徐洁,王晓梅,李晶晶,陈池,李转转,张玲颖[1]（2017）在《基于COⅠ序列绒螯蟹属DNA条形码和遗传多样性研究》文中研究指明对绒螯蟹属的中华绒螯蟹如东和七里海群体、日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹及狭颚绒螯蟹共80条线粒体COⅠ片段进行扩增和测序,并与GenBank中绒螯蟹属的台湾绒螯蟹2条和近方蟹属的绒毛近方蟹19条COⅠ基因序列进行联配分析。结果显示,101条序列包含44种单倍型,序列组成表现明显的碱基偏倚性。中华绒螯蟹如东、七里海群体与日本绒螯蟹间的遗传距离分别为1.210%和1.078%,明显低于COⅠ基因DNA条形码鉴别种的遗传距离为2%的阈值,表明中华绒螯蟹和日本绒螯蟹为同一物种;而合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹如东和七里海群体及与日本绒螯蟹的遗传距离分别为4.823%、5.101%以及5.011%,明显大于2%的鉴别阈值,说明合浦绒螯蟹为独立的种。以绒毛近方蟹为外群,基于群体内及群体间的遗传距离构建的邻接树显示,中华绒螯蟹与日本绒螯蟹聚在一起,合浦绒螯蟹则聚成单系。本文测序的5个群体除狭颚绒螯蟹外,其余均具有遗传多样性,单倍型多样性为0.593±0.1440.779±0.068,核苷酸多样性为0.001560.01336;此外,中华绒螯蟹如东群体与日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹七里海群体分别共享单倍型H1、H2和H3,说明这些蟹类可能有种质资源混杂或是遗传污染的现象。
高俊娜[2]（2011）在《三疣梭子蟹和日本蟳的线粒体DNA序列比较分析及三疣梭子蟹蜕皮抑制激素基因的SNP位点筛选》文中研究表明本文利用线粒体DNA序列分析技术分别对三疣梭子蟹和日本蟳不同地理群体的遗传结构进行了分析,同时,对三疣梭子蟹MIH基因进行了SNP位点的筛选。主要研究结果如下:采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体、和我国山东即墨市会场村三个野生群体的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平,结果显示我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16SrRNA基于片段构建的NJ系统树所反应的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于日本蟳的分类关系上,基于16SrRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为两大支:三疣梭子蟹不同的单倍型先聚在一起,再和梭子蟹属的远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚为一支;而青蟹属的三种蟹先聚在一起,再和日本蟳聚为一支。而基于COI基因片段构建的系统树显示,梭子蟹属先与青蟹属的2种蟹聚为一支,然后再与日本蟳聚在一起。本研究共发现19种单倍型,我国会场群体与日本北海道群体、韩国东海岸群体均有共享单倍型,表明我国会场群体与国外两个野生群体的遗传背景相似。这些资料为我国三疣梭子蟹的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据。对采自莱州湾和胶州湾的日本蟳 2群体的线粒体16SrRNA和COI基因片段进行了PCR扩增和测序,分别得到长度为519bp和658bp的碱基序列。研究结果显示这2个基因片段在种内的变异都较低,对2个基因同源序列分析表明,在线粒体16SrRNA基因片段中共检测到7个变异位点（包括6个单一变异位点,1个简约信息位点）和7种单倍型;在COI基因中共检测到8个变异位点（包括6个单一变异位点,2个简约信息位点）和7种单倍型。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了两群体间的序列差异和遗传多样性水平,结果显示2个日本蟳野生群体的遗传多样性比较丰富。用MEGA4.0软件构建了NJ和UPMGA系统树,基于16SrRNA基因片段的系统树显示梭子蟹科的4个属聚为两大支:日本蟳不同的单倍型先聚在一起,然后与青蟹属的3种蟹聚为一支;梭子蟹属的三疣梭子蟹、远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚在一起;再与美青蟹属的美洲蓝蟹、巴西蓝蟹等聚为一支。基于COI基因显示日本蟳不同的单倍型先聚在一起,再与其他3种蟳聚为一支;梭子蟹属的远海梭子蟹和三疣梭子蟹相聚,然后与美青蟹属的2种蟹相聚为一支。该结果与传统分类一致。采用PCR-SSCP技术对三疣梭子蟹的蜕皮抑制激素基因的外显子进行了SNP位点的筛选,根据3个外显子设计了7对特异性引物,引物M1的扩增产物的SSCP电泳条带有多态性,对有多态性的条带进行克隆测序,对照测序峰图,发现1个SNP位点,即G212A,碱基的变化导致了精氨酸→谷氨酰胺的改变,对于蜕皮抑制激素的生物学活性的影响,值得进一步的研究。
位正鹏[3]（2008）在《翡翠贻贝（Perna viridis）线粒体COI片段序列特性和香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）线粒体基因组全序列研究》文中研究表明由于在双壳贝类中（M. trossulus, M. edulis,M. galloprovincialis, M. californianus,菲律宾蛤仔,罗纹贻贝（Geukensia demissa）,以及珠蚌科的Pyganodon grandis, P. fragilis,和Fusconaia flava）存在双单性遗传现象,因此本文拟初步探讨一下与紫贻贝位于同一个科的翡翠贻贝Perna viridis是否具有双单性遗传现象,并对翡翠贻贝的三个近缘种（P.viridis,P.canaliculus和P.perna）进行了初步的系统分析。应用通用引物COIL 1490和COIH 2198对翡翠股贻贝的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增,获得661bp长度的COI基因片段,经过比对性腺与体细胞的COI片段,发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型,即体内只有一种线粒体DNA类型,没有发现双单性遗传现象,雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低（0.31%）。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树,对股贻贝属三种间的系统关系进行了分析,结果表明,P.viridis与P.canaliculus和P.perna之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）隶属于软体动物门（Mollusca）双壳纲（Bivalvia）珍珠贝目（Pterioida）牡蛎科（Ostreidae）巨牡蛎属（Crassostrea）,为中国南方沿海广泛分布的物种。根据太平洋牡蛎（C.gigas, NC001276）和美洲牡蛎（C.virginica, AY905542）全序列,用Primer Premier 5.0设计并筛选了10对引物,获得了10个片段,测序并拼接,得到了香港巨牡蛎线粒体基因组全序列,其长度为16475bp。识别了22个tRNA基因、2个rRNA基因和12个蛋白编码基因和1个主要非编码区的完整序列,除主要非编码区外,测定序列中还存在1546bp的间隔子分散在线粒体基因组中。确定了各基因在线粒体上的排列位置。与太平洋牡蛎和美洲牡蛎相比,香港巨牡蛎线粒体基因组中没有发现基因重排。计算了全序列的碱基组成,蛋白编码基因,tRNA,rRNA以及间隔子和非编码区的碱基组成,在全序列中A+T含量为65.4%,蛋白编码基因的A+T含量为64.6%,tRNA基因的A+T含量为64.2%,rRNA基因的A+T含量为60.5%,间隔子的A+T含量为72.1%,主要非编码区的A+T含量为77.8%。以轻链核酸序列为标准计算的GC-skew =-0.207,AT-skew=0.134。12个蛋白编码基因,rRNA基因以及tRNA基因均为H链编码,没有L链编码的情况。除了tRNA-His与ND4蛋白编码基因有一个碱基的重叠外,其他的基因均被tRNA基因和间隔子间隔,间隔子从1到294bp不等。分析了各基因的片段的序列特征,发现线粒体基因组中蛋白编码基因存在ATG、ATA两种常见的起始密码子,Cyt b基因的起始密码子为ATA,和美洲牡蛎以及太平洋牡蛎的略有不同。终止密码子只有TAA和T（仅有ND4L基因）两种。研究tRNA基因潜在的二级结构发现氨基酸接受臂和反密码子环在种间没有较大变异,变异主要集中在TΨC环和臂。对线粒体基因组中各基因的进化速率进行了比较。结果表明,各基因进化速率为脱氢酶亚基基因和细胞色素b基因﹥ATP酶亚基基因﹥细胞色素氧化酶亚基基因﹥tRNA基因﹥rRNA基因。在细胞色素氧化酶基因中,COIII是进化速度最快的基因,而在NADH中进化最快的则是ND2和ND6基因。Heteroconchia亚纲的菲律宾文蛤为外类群,研究了翼型亚纲牡蛎目牡蛎科巨牡蛎属的香港巨牡蛎、太平洋牡蛎和美洲牡蛎与贻贝目贻贝科的紫贻贝（M.edulis）以及Pectinoida目海扇蛤科扇贝属的海湾扇贝（Argopecten irradians）之间的系统关系。采用从单一基因到多基因结合到线粒体基因组的方式对系统关系进行多方位分析。用软件paup和MrBayes构建了MP、NJ、ML和BI系统树。在系统树中,香港巨牡蛎和太平洋牡蛎首先聚为一支,且随着基因数的增加支持率增加,用所有基因构建系统树时支持率达到100%。这表明了多基因相结合用作系统分析可以弥补单一基因由于功能、进化方式等方面的限制而带来的弊端,多基因能较全面的揭示研究种之间的系统关系。因此线粒体基因组可以比较准确的揭示物种间的系统关系,对于分类地位相差较远的物种间的系统分析,线粒体基因组是非常有用的标记。与牡蛎属现有研究结果相比,用16s rRNA基因和COI基因计算的种间遗传距离与其他研究者所计算的遗传距离基本一致。随着系统分析所用基因的增多,计算的种间遗传距离趋向于用线粒体中单一基因计算的遗传距离的平均值。因此认为基因结合适合用于属间系统关系的研究。当所有基因都用于系统分析时,种间遗传距离在0.150.368之间。
张代臻,孙红英,张华彬,唐伯平[4]（2007）在《绒螯蟹的分类与中华绒螯蟹种质资源研究进展》文中认为绒螯蟹主要有新绒螯蟹属（Neoeriocheir）和绒螯蟹属（Eriocheir）两个有效属,新绒螯蟹属仅有狭颚绒螯蟹（N.leptognatha）一个有效种,绒螯蟹属有直额绒螯蟹（E.recta）和日本绒螯蟹（E.japonica）两个有效种,日本绒螯蟹有日本绒螯蟹指名亚种,日本绒螯蟹中华亚种和日本绒螯蟹合浦亚种3个不同的地理亚种。分布在我国大陆的是日本绒螯蟹中华亚种和日本绒螯蟹合浦亚种。中华绒螯蟹在我国大陆被按水系分成南方组与北方组,组内水系间为同种不同地理种群。利用RAPD等分子生物学技术,可以鉴别出中华绒螯蟹的中华亚种和合浦亚种,各种群间的鉴别还有待于进一步研究。
孙悦娜,冯建彬,李家乐,聂式忠[5]（2007）在《日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化》文中进行了进一步梳理通过对日本沼虾（Macrobrachium nipponense）3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定,得到长度为495bp的片段,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6%、36.1%、22.7%和12.5%,AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16SrRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在3个群体中只有5个位点发生转换。另外,利用其454bp的同源序列,以中国明对虾（Fenneropenaeus chinensis）为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾（M.rosenbergii）等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA3.1软件中的NJ法构建的分子进化树,日本沼虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起;另外,罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起,然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起,最后才与外群中国明对虾聚在一起。
徐敬明[6]（2006）在《蟹类线粒体DNA的研究与应用》文中研究表明线粒体DNA作为理想的分子遗传标记已被广泛用于蟹类种群遗传学和进化遗传学的研究,并取得了许多有意义的结果。本文阐述了蟹类线粒体DNA分子生物学的研究进展,重点介绍蟹类线粒体DNA序列的研究概况及其多态性在蟹类系统学、种群识别、起源和进化、地理分化等研究中的应用情况。
寇静[7]（2006）在《网翅蝗科部分种类线粒体16S rRNA基因的分子进化与系统学研究》文中研究说明蝗虫是农业上的重要害虫之一,它对农业生产可造成直接危害,由于蝗虫对农牧业的影响,对蝗虫系统学以及蝗虫防治的研究一直受到广泛重视。网翅蝗科（Arcypteridae）隶属于直翅目蝗亚目蝗总科（Orthoptera:Caelifera:Acrididae）。是蝗总科中较大的一个科。目前国内外对网翅蝗科昆虫的分子系统学研究远远落后于其它生物类群。本论文从分子生物学的角度入手,采用线粒体16S rRNA基因为分子标记,共获得网翅蝗科2个亚科11属24种及椎角蝗科2属2种昆虫长度为522bp的部分序列,应用分子生物学软件对结果进行分析,使用4种常见的建树方法:NJ法、ME法、ML法和MP法重建系统发育树,对网翅蝗科部分种类的系统关系进行研究,为探讨网翅蝗科昆虫的分子进化,确定它们之间的关系提供分子生物学方面的证据。 通过对结果的分析讨论,得出以下结论 1.扩增出的25条16SrRNA基因中,A、T、G、C平均含量分别为31.1%、38.3%、18.2%和12.4%,A+T含量为69.4%,G+C含量为30.6%。表现出A+T含量明显高于G+C含量,高于昆虫A+T的平均值（64%）,反映出16SrRNA基因在碱基组成存上具有偏向性,这同其他昆虫相类似。其序列组成分析显示典型的高AT含量和多变的距离依赖的转换/颠换（TS/TV）比。 2.在所获得的25条16SrRNA基因序列中（不包括外群）核苷酸的替换总体上表现出转换略高于颠换。但是茎区颠换要高于转换,转换主要是A与G之间的转换,而颠换主要发生在A与T之间。饱和性分析结果表明16S rDNA的环区存在部分饱和现象。 3.26种昆虫之间的遗传距离显示,同一属内种间的遗传距离较小,如西藏竹蝗和黑翅竹蝗之间的遗传距离为0.002,白纹雏蝗和夏氏雏蝗间的遗传距离为0,总的来说,属间的遗传距离大于种间的遗传距离,属间的遗传距离大约介于0.100～0.060之间,与外群飞蝗间的遗传距离最大,介于0.1220～154之间。 4.所研究的网翅蝗科部分种类的系统发育关系: ①认为网翅蝗科并非一单系群; ②竹蝗亚科的单系性也得不到支持,需采用进行进一步的研究; ③网翅蝗亚科各属间的系统发生关系为:（（肿脉蝗属+（牧草蝗属+异爪蝗属）+草地蝗属）+雏蝗属）+（凹背蝗+石牺蝗属）+（（网翅蝗属+曲背蝗属）竹蝗属）;
胡鹏飞[8]（2006）在《绒螯蟹的遗传差异和群体遗传多样性研究》文中指出实验利用限制性片段长度多态性（RFLP）技术,对中国大陆6水系15个地区及1个俄罗斯地区现有绒螯蟹16个自然群体和289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）基因进行了限制性片段长度多态性比较,探讨了不同水系绒螯蟹自然群体的遗传差异和群体遗传多样性,并针对长江水系中华绒螯蟹种质资源混杂、滥捕蟹苗和亲本杂交导致种质不纯等现象,着重对长江水系中华绒螯蟹的线粒体COI基因片段进行了限制性片段长度多态性（RFLP）和变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析。研究结果表明:1.通过对绒螯蟹16个自然群体的RFLP分析表明,限制性内切酶Tas I-RFLP标记可作为区分合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹、日本绒螯蟹、狭额绒螯蟹的分子遗传标记;瓯江、长江、黄河、海河和辽河水系中华绒螯蟹各群体间最大遗传距离为0.015,最小遗传距离为0,可定义为中华绒螯蟹的不同地理种群;狭额绒螯蟹与上述群体间的遗传距离介于0.147～0.195之间,定义为绒螯蟹属种间的遗传距离。2.在289个绒螯蟹个体的11个群体中,共检测到15种复合单倍型,其中复合单倍型1为除合浦绒螯蟹以外的群体所共有,均以该复合单倍型为主,复合单倍型4在合浦绒螯蟹群体中占有较大的比例;合浦绒螯蟹与黄河、海河、辽河水系中华绒螯蟹的遗传差异最为明显（Pnet=0.060～0.061）;不同水系中华绒螯蟹及合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹具有一定的群体内遗传多态性（π=0.0002～0.0167）。3.长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹共61个个体的8种（识别4碱基）和11种（8种识别4碱基和3种识别6碱基）限制性内切酶RFLP分析表明,在8种限制性内切酶的分析中,南京和江都群体的线粒体COI基因多态度π值分别为0.008和0.019,与11种限制性内切酶分析的结果一致（0.007和0.016）,说明长江水系中华绒螯蟹具有一定的群体内遗传多样性。4.首次应用变性梯度凝胶电泳（DGGE）对长江水系南京地区中华绒螯蟹线粒体COI基因进行分析,比RFLP技术能检测出更多得DNA的多态性,结果更为精确。
郑连明,曹文清,方旅平,周美玉,陈代斯,林元烧,王桂忠[9]（2005）在《日本囊对虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析》文中指出以相应引物对日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNA CO I）进行PCR扩增,经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序,得到709 bp的碱基片断.碱基组成A、C、G、T含量分别为196bp（27.64%）、129 bp（18.19%）1、34 bp（18.90%）、250 bp（35.26%）.与GenBank中斑节对虾（Penaeus monodon）的mtD-NA CO I全序列（AF217843）比对,经分析发现:本实验获得的日本囊对虾mtCO I基因片段序列和GenBank上的同种序列（AY264897）都只是该种CO I基因序列的一部分,二者之间有41 bp的重叠并可拼接,拼接后的总长为1 515 bp.
陈合格,刘文彬,张轩杰[10]（2005）在《中华鳖与砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因序列的比较分析和分子鉴定标记》文中认为对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个（37.2%）、121个（21.5%）、145个（25.8%）、87个（15.5%）和207个（36.8%）、120个（21.4%）、145个（25.8%）、90个（16%）。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2.31%,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0.53%和0.36%,种间差异显着;用内切酶MspI酶切两种鳖的12SrRNA基因片段,在砂鳖中可得到大小为519bp和43bp两个片段,而中华鳖无此酶切位点,这可作为准确鉴别中华鳖和砂鳖的分子鉴定标记。从两种鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段碱基的显着差异和MspI酶切位点的变化,可以进一步证明砂鳖是不同于中华鳖的鳖属一新种。
二、日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12SrRNA（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12SrRNA（论文提纲范文）
（1）基于COⅠ序列绒螯蟹属DNA条形码和遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 DNA的提取、PCR扩增及PCR扩增产物的测序 |
| 1.3 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 线粒体COⅠ基因的序列特征 |
| 2.2 单倍型分布及遗传多样性分析 |
| 2.3 遗传距离、R值与分子系统树 |
| 3 讨论 |
| 3.1 序列分析 |
| 3.2 绒螯蟹属物种的有效性 |
| 3.3 绒螯蟹属物种的种质资源 |
（2）三疣梭子蟹和日本蟳的线粒体DNA序列比较分析及三疣梭子蟹蜕皮抑制激素基因的SNP位点筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1、线粒体DNA 技术研究进展 |
| 1.1 线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）的结构 |
| 1.2 线粒体DNA 的特点 |
| 1.3 mtDNA 常用的分类阶元 |
| 2、蜕皮抑制激素（Molt-inhibing Hormone，MIH）的研究进展 |
| 2.1 蜕皮抑制激素 |
| 2.2 MIH 的国内外研究现状 |
| 2.3 MIH 调控机制的研究方法 |
| 3、单核苷酸多态性(single mucleotide polymorphism，SNP)研究进展 |
| 3.1 SNP 及其特点 |
| 3.2 SNP 的检测及分型方法 |
| 3.3 SNPs 在水产动物遗传育种中的应用 |
| 4、本研究的目的及意义 |
| 第二章 三疣梭子蟹三个野生群体线粒体基因片段的比较分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA 的提取与检测 |
| 1.2.2 PCR 扩增 |
| 1.2.3 DNA 序列测定 |
| 1.2.4 序列分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 线粒体16SrRNA 基因片段序列分析 |
| 2.2 线粒体COI 基因片段序列分析 |
| 3 讨论 |
| 第三章 日本蟳线粒体16SrRNA 和 COI 基因序列比较分析 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA 的提取与检测 |
| 1.2.2 PCR 扩增 |
| 1.2.3 DNA 序列测定 |
| 1.2.4 序列分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 线粒体16SrRNA 基因片段序列分析 |
| 2.2 线粒体COI 基因片段序列分析 |
| 3 讨论 |
| 第四章 三疣梭子蟹蜕皮抑制激素基因单核苷酸多态性分析 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 样品来源 |
| 1.1.2 主要实验试剂 |
| 1.1.3 实验主要仪器 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 三疣梭子蟹基因组DNA 的提取和检测 |
| 1.2.2 引物设计与合成 |
| 1.2.3 三疣梭子蟹MIH 基因SNP 位点的筛选 |
| 1.2.4 单链构象多态性（SSCP）分析 |
| 1.2.5 PCR 产物的纯化、克隆和测序 |
| 1.2.6 测序结果的分析及SNP 位点的确定 |
| 2、结果 |
| 2.1 基因组DNA 提取情况 |
| 2.2 PCR 扩增结果 |
| 2.3 PCR-SSCP 分析结果及SNP 位点分析 |
| 2.4 测序结果 |
| 2.5 基因型在30 个个体中的分布情况 |
| 3、讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 发表的学术论文 |
（3）翡翠贻贝（Perna viridis）线粒体COI片段序列特性和香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）线粒体基因组全序列研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 一、线粒体DNA 的结构与特性 |
| 1 线粒体DNA的结构组成 |
| 1.1 蛋白质编码基因 |
| 1.2 tRNA 基因 |
| 1.3 rRNA 基因 |
| 1.4 非编码区 |
| 2 线粒体DNA的特性 |
| 2.1 结构简单、分子量小 |
| 2.2 拷贝数多 |
| 2.3 均一、无组织特异性 |
| 2.4 进化速度快、突变率高 |
| 2.5 母系遗传 |
| 2.6 半自主性 |
| 2.7 线粒体在动物中的其他特异性 |
| 2.7.1 基因缺失 |
| 2.7.2 线粒体DNA基因的重排现象和重组现象 |
| 二、应用线粒体进行研究的常用分析方法 |
| 1 限制性酶切片段长度多态性分析法 |
| 2 变性高效液相色谱分析法 |
| 3 测序法 |
| 三、线粒体基因组的分析现状 |
| 1 线粒体基因片段在分子系统学中的应用 |
| 1.1 系统发生关系和分类方面 |
| 1.2 地理种群间的划分和遗传分化方面 |
| 1.3 起源与进化方面 |
| 1.4 动物种间、种内亲缘关系 |
| 1.5 分子钟 |
| 2 线粒体基因组全序列在分子系统学中的应用 |
| 四、双壳纲线粒体研究现状 |
| 1 贻贝 |
| 2 蛤仔 |
| 3 翡翠贻贝 |
| 4 牡蛎 |
| 5 扇贝 |
| 五、系统树构建 |
| 1 UPGMA 法 |
| 2 NJ 法 |
| 3 最大简约法 MP(Maximum Parsimony methods) |
| 4 最大似然法 ML(Maximum Likelihood method) |
| 5 贝叶斯推论法 |
| 第二章 应用线粒体COI基因片段初步研究翡翠贻贝的遗传特性及其近缘种间的系统关系 |
| 一、前言 |
| 二、材料和方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 线粒体基因组DNA的提取 |
| 2.2 PCR 扩增 |
| 2.3 测序 |
| 2.4 数据处理 |
| 三、结果 |
| 1 线粒体双单性遗传 |
| 2 翡翠股贻贝COI基因片段的遗传特性分析 |
| 3 翡翠股贻贝的系统分析 |
| 四、小结 |
| 第三章 香港巨牡蛎全序列线粒体研究及系统分析 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 1 样品采集与保存 |
| 2 DNA 提取和 PCR 扩增 |
| 2.1 总DNA 的提取 |
| 2.2 PCR 扩增 |
| 2.3 引物设计 |
| 2.4 数据分析 |
| 三、结果与分析 |
| 1 香港巨牡蛎的线粒体基因组全序列遗传结构特征 |
| 2 香港巨牡蛎线粒体基因组全序列的各基因比较分析 |
| 2.1 rRNA 基因 |
| 2.1.1 rRNA 基因序列特征 |
| 2.1.2 rRNA 基因同源序列比对 |
| 2.1.3 rRNA 基因系统分析 |
| 2.2 蛋白编码基因 |
| 2.2.1 ATP6 基因 |
| 2.2.1.1 ATP6 基因序列特征 |
| 2.2.1.2 ATP6 基因同源序列比对 |
| 2.2.1.3 ATP6 基因系统分析 |
| 2.2.2 细胞色素c 氧化酶亚基基因COI、COII、COIII |
| 2.2.2.1 细胞色素 c 氧化酶基因序列特征 |
| 2.2.2.2 细胞色素 c 氧化酶基因同源序列比对 |
| 2.2.2.3 细胞色素c 氧化酶基因系统分析 |
| 2.2.3 脱氢酶亚基基因 ND1-ND6 |
| 2.2.3.1 脱氢酶基因序列特征 |
| 2.2.3.2 脱氢酶基因同源序列比对 |
| 2.2.3.3 脱氢酶基因系统分析 |
| 2.2.4 细胞色素b 基因(Cytb) |
| 2.2.4.1 细胞色素b 基因序列特征 |
| 2.2.4.2 细胞色素b基因同源序列比对 |
| 2.2.4.3 细胞色素b 基因系统分析 |
| 2.3 tRNA基因 |
| 2.3.1 tRNA 基因序列特征 |
| 2.3.2 tRNA 基因同源序列比对 |
| 2.3.3 tRNA 基因系统分析 |
| 2.4 非编码区 |
| 2.4.1 非编码区序列特征 |
| 2.4.2 非编码区序列比对 |
| 2.5 香港巨牡蛎基因联合分析 |
| 四、小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（4）绒螯蟹的分类与中华绒螯蟹种质资源研究进展（论文提纲范文）
| 1 绒螯蟹的分类研究 |
| 2 中华绒螯蟹种质资源研究 |
| 2.1 分组研究 |
| 2.2 种群鉴别研究 |
| 3 结束语 |
（5）日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取 |
| 1.2.2 PCR扩增和产物鉴定 |
| 1.2.3 DNA序列测定 |
| 1.2.4 数据分析 |
| 2 结 果 |
| 2.1 日本沼虾16S rRNA基因片段扩增结果 |
| 2.2 日本沼虾16S rRNA基因序列与碱基组成 |
| 2.3 基于16S rRNA序列计算出的8种沼虾的相对遗传距离 |
| 2.4 基于16S rRNA基因序列的8种沼虾的系统进化关系 |
| 3 讨 论 |
| 3.1 线粒体DNA 16S rRNA基因序列在水产动物研究中的应用 |
| 3.2 日本沼虾三群体间差异及沼虾属系统进化研究 |
| 3.3 利用分子标记对沼虾属进行辅助育种的探讨 |
（6）蟹类线粒体DNA的研究与应用（论文提纲范文）
| 1 蟹类线粒体DNA的组成及特征 |
| 2 蟹类线粒体DNA的多态性及其应用进展 |
| 2.1 在蟹类系统学中的应用 |
| 2.2 在蟹类分子群体遗传学中的应用 |
（7）网翅蝗科部分种类线粒体16S rRNA基因的分子进化与系统学研究（论文提纲范文）
| 第一部分 前言 |
| 1. 网翅蝗科简介及其系统学研究现状 |
| 1.1 网翅蝗科昆虫的形态学特征 |
| 1.2 网翅蝗科的分类地位 |
| 1.3 我国网翅蝗科昆虫系统学研究现状 |
| 2. 线粒体基因组与16SrRNA基因 |
| 2.1 线粒体基因组 |
| 2.2 线粒体16SrRNA基因 |
| 3. 分子进化与分子系统学研究方法 |
| 3.1 分子系统学简介 |
| 3.2 常用分子系统学研究方法状 |
| 3.3 系统树的构建方法 |
| 3.4 分子系统发育分析的程序 |
| 4. 本课题研究的目的及意义 |
| 第二部分 实验材料与方法 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 标本的采集、鉴定、保存、整理与选择 |
| 1.2 仪器和试剂 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 总 DNA提取 |
| 2.2 PCR扩增目的16SrRNA基因序列 |
| 2.3 目的片段序列的测定 |
| 3 实验数据处理和分析 |
| 3.1 序列编辑 |
| 3.2 序列比对 |
| 3.3 序列组成分析 |
| 3.4 碱基替换饱和分析 |
| 4 建树 |
| 第三部分 结果与分析 |
| 1. 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定 |
| 1.1 基因组总DNA的提取 |
| 1.2 PCR扩增及序列的测定 |
| 1.3 PCR产物测序 |
| 2. 数据处理与分析 |
| 2.1 序列比对 |
| 2.2 序列组成分析 |
| 2.3 碱基替换饱和性分析 |
| 3. 系统树的构建 |
| 3.1 网翅蝗科部分种类系统发育重建 |
| 3.2 四种系统发育推断方法的比较 |
| 4 分析讨论 |
| 4.1 网翅蝗科部分种类16SrRNA基因片段的序列组成和分子进化 |
| 4.2 16SrRNA基因序列数据系统发育信号评估 |
| 4.3 网翅蝗科不同属种间系统树分析 |
| 4.4 关于外群的选择 |
| 第四部分 总结 |
| 参考文献 |
| 附录一 |
| 附表二 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的主要工作和发表、投寄文章 |
（8）绒螯蟹的遗传差异和群体遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒螯蟹属的分类和分布 |
| 1.2 不同水系绒螯蟹种群遗传差异和群体遗传多样性研究 |
| 1.2.1 形态学的研究 |
| 1.2.2 细胞学与生化遗传学研究 |
| 1.2.3 分子遗传学研究 |
| 1.3 应用RFLP 技术研究线粒体DNA 遗传多样性 |
| 1.4 应用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术分析生物遗传多样性 |
| 1.4.1 DGGE 的原理 |
| 1.4.2 DGGE 的优势和不足 |
| 1.4.3 DGGE 技术在分析生物遗传多样性方面的应用前景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样本来源 |
| 2.1.2 实验药品与试剂 |
| 2.1.3 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 试剂的配制 |
| 2.2.2 总体DNA的提取 |
| 2.2.3 线粒体COI 基因的RFLP 分析 |
| 2.2.4 线粒体COI 基因的DGGE 分析 |
| 2.2.5 数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 总体DNA 的提取结果 |
| 3.2 线粒体COI 基因的RFLP 分析结果 |
| 3.2.1 样本DNA 池的扩增结果 |
| 3.2.2 样本个体线粒体 COI 基因的扩增结果 |
| 3.2.3 绒螯蟹16 个群体DNA 池的线粒体COI 基因RFLP 分析结果 |
| 3.2.4 11 个绒螯蟹群体中289 个个体线粒体COI 基因RFLP 分析结果 |
| 3.2.5 长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹个体线粒体COI 基因RFLP 分析结果 |
| 3.3 线粒体 COI 基因片段的 DGGE 分析结果 |
| 3.3.1 线粒体COI 基因的测序及解链特性分析结果 |
| 3.3.2 长江水系南京地区中华绒螯蟹COI 基因的DGGE 扩增产物检测结果 |
| 3.3.3 长江水系南京地区中华绒螯蟹COI 基因的DGGE 电泳分离结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 不同水系绒螯蟹的分类与种质鉴定 |
| 4.1.1 不同水系绒螯蟹种群的分类关系 |
| 4.1.2 不同水系绒螯蟹的种质鉴定方法中存在的问题 |
| 4.2 不同水系绒螯蟹群体的遗传差异分析 |
| 4.2.1 中华绒螯蟹不同水系间的遗传差异分析 |
| 4.2.2 中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹及日本绒螯蟹群体间的遗传差异分析 |
| 4.3 不同水系绒螯蟹群体内的遗传多样性分析 |
| 4.4 DGGE 技术在绒螯蟹群体内遗传多样性分析中的应用 |
| 4.4.1 DGGE 分析长江水系中华绒螯蟹线粒体COI 基因的遗传多样性 |
| 4.4.2 DGGE 技术在绒螯蟹群体内遗传多样性分析中的应用前景 |
| 4.5 不同水系绒螯蟹遗传多样性的保护 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（9）日本囊对虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| (1) 基因组DNA提取与检测 |
| (2) PCR扩增及纯化 |
| (3) 基因克隆 |
| 2 结 果 |
| 3 讨 论 |
（10）中华鳖与砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因序列的比较分析和分子鉴定标记（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料来源 |
| 1.2 引物设计 |
| 1.3 基因组DNA的提取及线粒体DNA 12S rRNA基因片段的PCR扩增 |
| 1.4 连接、转化反应及序列测定 |
| 1.5 限制性位点分析与PCR-RFLP检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 中华鳖和砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因片段的PCR扩增 |
| 2.2 中华鳖、砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因片段序列的测定 |
| 2.3 PCR-RFLP检测与固定碱基替换位点确定 |
| 3 讨论 |
| 3.1 中华鳖、砂鳖12S rRNA基因片段序列间的比较分析 |
| 3.2 分子鉴定标记方法分析 |
四、日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12SrRNA（论文参考文献）
- [1]基于COⅠ序列绒螯蟹属DNA条形码和遗传多样性研究[J]. 徐洁,王晓梅,李晶晶,陈池,李转转,张玲颖. 水产科学, 2017(04)
- [2]三疣梭子蟹和日本蟳的线粒体DNA序列比较分析及三疣梭子蟹蜕皮抑制激素基因的SNP位点筛选[D]. 高俊娜. 中国海洋大学, 2011(04)
- [3]翡翠贻贝（Perna viridis）线粒体COI片段序列特性和香港巨牡蛎（Crassostrea hongkongensis）线粒体基因组全序列研究[D]. 位正鹏. 中国海洋大学, 2008(02)
- [4]绒螯蟹的分类与中华绒螯蟹种质资源研究进展[J]. 张代臻,孙红英,张华彬,唐伯平. 广西科学院学报, 2007(02)
- [5]日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化[J]. 孙悦娜,冯建彬,李家乐,聂式忠. 动物学杂志, 2007(01)
- [6]蟹类线粒体DNA的研究与应用[J]. 徐敬明. 中国海洋大学学报(自然科学版), 2006(06)
- [7]网翅蝗科部分种类线粒体16S rRNA基因的分子进化与系统学研究[D]. 寇静. 陕西师范大学, 2006(10)
- [8]绒螯蟹的遗传差异和群体遗传多样性研究[D]. 胡鹏飞. 东北农业大学, 2006(02)
- [9]日本囊对虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析[J]. 郑连明,曹文清,方旅平,周美玉,陈代斯,林元烧,王桂忠. 厦门大学学报(自然科学版), 2005(06)
- [10]中华鳖与砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因序列的比较分析和分子鉴定标记[J]. 陈合格,刘文彬,张轩杰. 水产学报, 2005(03)